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Gli amministratori hanno pubblicato un lungo post in cui spiegano i piani futuri del progetto, sia dal punto di vista scientifico che da quello "tecnico".

Eccolo tradotto:

Volevamo provare ad aiutare tutti a essere consapevoli del fatto che il progetto sta preparando alcune delle più grandi WU proteiche mai eseguite su R@H. L'esecuzione di questi modelli richiederà molto più tempo rispetto alle proteine più piccole: questo renderà molto difficile mostrare accuratamente il "tempo di esecuzione stimato". Aumenterà, quindi, la probabilità che le attività vengano eseguite più a lungo rispetto alle preferenze di runtime della WU, specialmente se si ha una preferenza di runtime inferiore alle 8 ore predefinite. Per adattarsi, il watchdog (il sistema che controlla i checkpoint, NDT) farà un “pisolino” più lungo del solito, ovvero le WU che stanno finendo e che hanno eseguito più di 10 ore di CPU in più rispetto alle preferenze di runtime verranno completate senza iniziare un nuovo decoy.

Questi modelli di lunga durata si tradurranno in un elevato grado di variazione nel tempo di esecuzione tra le attività. È possibile che un'attività venga concessa quasi il doppio del credito rispetto a un'altra. Questo perché ha eseguito due modelli anziché uno. Il credito dovrebbe generalmente essere proporzionale alla quantità di tempo della CPU investito nell'attività. Questa elevata variabilità nella durata rappresenterà una sfida per il manager BOINC nel decidere quanto lavoro dovrebbe richiedere. Puoi aiutare il BOINC Manager a evitare di scaricare troppo lavoro se modifichi le tue preferenze su quanto lavoro archiviare per un giorno (sempre nel profilo utente, NDT).

Inoltre, molti di voi hanno recentemente segnalato unità di lavoro completate prima della loro preferenza di runtime. Questo diventerà più comune anche con questi modelli di “lunga durata”. Ad esempio, se si dispone della preferenza di durata predefinita di 8 ore e il completamento del primo modello richiede 5 ore, dopo 5 ore si interromperà e verrà riportato perché un secondo modello supererebbe la preferenza. Il Team di Progetto preferisce lasciare deselezionate le preferenze di runtime, che attualmente si traducono in una durata di 8 ore. D’altro canto se queste elevate variazioni nei runtime presentano problemi per voi, bisogna anche sottolineare che l'impostazione di una preferenza di durata più lunga si tradurrà generalmente in tempi di completamento più coerenti. (è sufficiente fare attenzione che le modifiche alle preferenze di runtime vengano applicate alle unità di lavoro scaricate esistenti e alle nuove richieste di lavoro.)

Quindi suggeriamo sempre di apportare modifiche solo quando si hanno impostazioni per una piccola cache di lavoro e di modificare le preferenze di runtime solo un paio di valori alla volta, quindi il BOINC Manager ha il tempo di vedere le WU complete con i nuovi runtime: questo aiuta a richiedere la quantità di lavoro che corrisponde alle tue preferenze.

Le unità di lavoro che eseguivano modelli molto corti e terminavano quando raggiungevano i 1.000 modelli (prima della loro preferenza di durata), o altri numeri molto arrotondati, sono stati adattati per consentire un numero massimo di modelli maggiore. Questo aiuterà ad essere più coerenti i tempi di questo tipo di unità di lavoro. Questi lavori più grandi del solito provengono dal nostro server di previsione della struttura Robetta e possono o meno essere correlati al Covid-19 (quindi saranno correlati anche ad altre ricerche come, ad esempio, sul cancro). La proteina Spike, che è stata modellata alla fine di Gennaio e all'inizio di Febbraio e continua a essere modellata (varianti e simili), è di oltre 1000 residui e modellata come un trimero simmetrico.

Da allora la struttura è stata determinata da Cryo-EM (6vsb, 6vxx e 6vyb), le ultime due del laboratorio del Dr. Veesler presso l'Università di Washington. Se la sequenza è maggiore di 1000 residui (2000 è il massimo per una singola catena), il limite di memoria è impostato su 4 GB, quindi se il dispositivo ha memoria sufficiente per singolo core CPU, può eseguire tali lavori.


Inviato: 20/04/2020 22:48 da boboviz #133712
Avatar di boboviz

Marco Detto Buffer ha scritto: Con wu che chiedono 4 giga di ram escludono 4 dei miei 5 pc senza contare che sul mio PC principale ho 12 core e solo 16 giga di ram e quindi potrò far andare solo 3 wu ....

Sembrerebbe che:
- queste wu ram-monster siano molte meno di quelle "standard"
- verranno correttamente assegnate solo alle macchine in grado di "sostenerle"
- 4 Gb è il limite massimo (adesso è 2 Gb), non è detto che ci arrivino sempre.

Quello che non riesco ancora a capire è il discorso dei nuovi checkpoint.
Se son così lunghe, sarebbe ora di ottimizzarle con le SSEx/AVX
Inviato: 20/04/2020 15:09 da Fabrizio74 #133710
Avatar di Fabrizio74
L'ho sempre pensata che ci vuole almeno il doppio della ram in confronto ai core thrend che si ha per lavorare bene
Inviato: 20/04/2020 15:05 da Fabrizio74 #133708
Avatar di Fabrizio74
Un pc con 32gb ram mi può lavorare con 8 core, mentre gli altri 2 pcsono leggermente più scasi di ram ma contribuiscono lo stesso
Inviato: 20/04/2020 13:00 da Nubman #133707
Avatar di Nubman
Quad core con 24GB di ram a rapporto! :nerd:
Inviato: 20/04/2020 11:53 da Marco Detto Buffer #133706
Avatar di Marco Detto Buffer
Con wu che chiedono 4 giga di ram escludono 4 dei miei 5 pc senza contare che sul mio PC principale ho 12 core e solo 16 giga di ram e quindi potrò far andare solo 3 wu ....
Inviato: 20/04/2020 11:32 da boboviz #133705
Avatar di boboviz

sabayonino ha scritto: come darsi la zappa sui piedi ... :punizione:

Eh, sembra che stiano valutando come assegnare queste wus alle macchine in base alla memoria disponibile e di sospendere le wu se la ram viene meno.
Ma io dico, non sarebbe meglio mettere l'opzione di scelta di queste wus nel profilo utente del progetto?
Inviato: 19/04/2020 22:29 da sabayonino #133699
Avatar di sabayonino
come darsi la zappa sui piedi ... :punizione:
Inviato: 19/04/2020 19:44 da boboviz #133692
Avatar di boboviz
Sto rompendo loro i maroni sul forum per capire se sarà possibile scegliere o meno questo tipo di "monster" wus
Inviato: 19/04/2020 14:07 da boboviz #133690
Avatar di boboviz
4Gb per wu!!!
:maroni: :muro: :bananadance :bananadance

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