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Quarantine@Home 16/05/2020 21:37 #134144

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L'università della California San Francisco ha lanciato questo nuovo progetto per la simulazione di farmaci in grado di contrastare il coronavirus.
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Ah, dimenticavo, i sorgenti sono open e c'è una versione per gpu Nvidia.


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Quarantine@Home 18/05/2020 10:13 #134160

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L'ho provato ed è molto semplice. L'installante scarica i dati che servono e poi parte una interfaccia grafica web.
L'uso cpu è intorno al 15/20%.
Speriamo riescano a metterlo sotto Boinc.


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Quarantine@Home 18/05/2020 14:22 #134168

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c'è una versione per gpu Nvidia.

In realtà c'è anche una versione OpenCl, per linux soltanto, però.


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Quarantine@Home 28/05/2020 08:04 #134241

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Provato Autodock4-linux-GPU su Xubuntu 14.04.
Ci ho messo un po' a risolvere i soliti problemi con le dipendenze dei pacchetti.
Mi ha occupato un casino di spazio, poco più di 4GB, di cui se non ricordo male:
~1.2GB docker
~2.8GB cuda
~75MB opencl

È finito lo spazio del file system, ma ha cominciato a girare e sono partiti due processi GPU.
Unico neo che ciascuno utilizzava un proprio thread al 100%.
Su 4 core fisici è un bello spreco, stesso "problema" della nuova app di GPUGRID e altre.

Per il resto ottimo progetto, molto interessante. ;)

Rettifica: sembra che cuda e opencl fossero stati installati a causa di un altro comando che avevo lanciato, quindi bastano solo 1.2GB di spazio. :arg:


E pare che si possano personalizzare i thread dedicati per la cpu così come i job contemporanei per la gpu dai seguenti parametri
cpu_count = multiprocessing.cpu_count() / 2 # assume hyperthreading so ignore half the logical cores
gpu_count = 2 # assuming one GPU job at a time, use nvidia-smi to see if you have <100% utilization
jobs_to_cache = cpu_count # have one job per core available, or 3-5 jobs if GPU running
nel file quarantine.py.

Io ho cambiato così:
cpu_count = multiprocessing.cpu_count() # la mia cpu non ha hyperthreading (e comunque non la uso)
gpu_count = 1 # la mia gpu va al 100% anche con un solo job
jobs_to_cache = cpu_count # qui volendo si potrebbe mettere un valore grande per avere scorta per ore, ma non ho provato

Credo che il parametro jobs_to_cache che si trova all'inizio del codice valga solo per la cpu perché nella funzione dispatchCenter() viene ridefinito con un valore pari a 3 se ad avere bisogno di lavoro è la gpu. Immagino sia necessario agire da lì per aumentare ancora una volta i job scaricati.

Ovviamente queste modifiche vanno fatte prima di lanciare l'app.
COVID-19

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