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| GPUGrid: da nano a micro in pochi mesi |
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| Scritto da Paolo Bassi | |
| mercoledì 18 marzo 2009 | |
GPUGRID ha visto crescere incredibilmente la sua potenza di calcolo nel giro di pochi mesi.
Negli esperimenti di dinamica molecolare simulata le performance del sistema di calcolo si possono misurare in base al tempo simulato giornalmente: ebbene da agosto '08 a marzo '09 si è passati da 0,2 a 5 microsecondi al giorno (+2000%)
La caratteristica principale di GPUGrid è, in termini di potenza computazionale, la forza bruta che gli è permessa dall'utilizzo di potenti processori grafici a livello dei singoli PC dei volontari aderenti al progetto. E' già stato spiegato nella pagina di approfondimento del progetto come la simulazione in dinamica molecolare dei processi biologici, che
normalmente avvengono su scale temporali di micro-milli secondi, sia fortemente limitata dalla capacità computazionale anche degli attuali supercomputer, che purtroppo è dell'ordine dei nanosecondi.
Invece mediante l'utilizzo delle attuali GPU è ora possibile, ad esempio, studiare su un solo PC in un solo
giorno ben 4 nanosecondi di vita simulata in dinamica molecolare di un
sistema composto da 50.000 atomi. Sommando la potenza di tutte le macchine agganciate al progetto si è quindi ora in grado di simulare 4-5 microsecondi / giorno.
Se si riuscisse a superare il limite del milli-secondo allora
le applicazioni biomediche della dinamica molecolare sarebbero illimitate.
Grafico: andamento mensile recente delle WU completate e del tempo/giorno simulato.
Esperimento attuale: SH2:
i legami tra proteine giocano un ruolo importante nella loro crescita e
sviluppo. I "domini proteici" sono sotto-unità delle proteine che
gestiscono questi legami identificando le brevi sequenze di peptidi nei
partner della proteina. L'SH2 è un particolare dominio proteico
interessato nello sviluppo cancerogeno inteso come sviluppo abnorme e
maligno delle cellule.
Attualmente il progetto sta' distribuendo delle nuove WU del tipo SH2, evoluzione del precedente progetto, con l'intento di studiare il comportamento di diversi liganti.
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| Ultimo aggiornamento ( venerdì 20 marzo 2009 ) |
Discussione (9 posts)
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GPUGrid: da nano a micro in pochi mesi
Mar 18 2009 23:34:28 ** Discussione sull'articolo: GPUGrid: da nano a micro in pochi mesi **
Davvero una soddisfazione per chi, come me, ha voluto crederci! Speriamo vada sempre meglio! |
#21408 |
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Re:GPUGrid: da nano a micro in pochi mesi
Mar 19 2009 07:14:58 Venturini Dario ha scritto:
** Discussione sull'articolo: GPUGrid: da nano a micro in pochi mesi ** Davvero una soddisfazione per chi, come me, ha voluto crederci! Speriamo vada sempre meglio! Esatto, e mi stimola a continuare il 
Forza GPU!  
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#21409 |
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Re:GPUGrid: da nano a micro in pochi mesi
Mar 19 2009 10:56:35 Wow, che bello! Inoltre sono contento che gpugrid abbia anche uno strato solido di vera ricerca e non debba solo la fama al fatto che ha il client per gpu! Forza gpu!
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#21424 |
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Re:GPUGrid: da nano a micro in pochi mesi
Mar 19 2009 18:09:16 Un incremento prestazionale impressionante!
E per di più in un progetto con solide basi scientifiche. Mi fa proprio piacere. Adesso forza con i e con la divulgazione del calcolo distribuito per raggiungere i millisecondi di simulazione. Le applicazioni biomediche aspettano.  |
#21463 |
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GPUGrid: da nano a micro in pochi mesi
Apr 09 2009 17:22:55 ottimo progetto alla quale appartengo.
Se solo avesse la grafica sarebbe ottimo  |
#23620 |
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Re:GPUGrid: da nano a micro in pochi mesi
Apr 09 2009 19:34:52 Meglio, così non si spreca potenza con la grafica!
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#23635 |
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Re:GPUGrid: da nano a micro in pochi mesi
Apr 18 2009 06:33:43 Ragazzi, non cliccate i link di sto spammaro di sopra, mi raccomando!
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#24313 |
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Re:GPUGrid: da nano a micro in pochi mesi
Apr 18 2009 12:09:49 che link?
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#24348 |
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Re:GPUGrid: da nano a micro in pochi mesi
Apr 18 2009 12:36:36 Ho cancellato tutto
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#24351 |
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- (17:51) Luivit : per la fine dell'anno poem dovrebbe rilasciare l'app opencl che gira praticamente su tutto, però devi vedere se è compatibile la tua gpu
se proprio vuoi usare la gpu per uno scopo medico - (17:33) blackbit : scaccolo strettamente progetti di biologia e medicina, o al limite astrofisica
- (17:32) blackbit : @revenge: con tutto il rispetto per collatz, ma non pago la bolletta enel per risolvere un problema matematico
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- (16:53) blackbit : dall'altro mi attirava l'idea del loro codice ottimizzato sse e del loro client gpu (due cose che rosetta, il più grosso progetto di bioinformatica boinc, non ha)
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