Cari amici, l’ultima volta che abbiamo condiviso con voi una newsletter di Docking@Home è stato tanto tempo fa, nel 2009.

Negli ultimi due anni vi siamo stati sempre molto grati per il sostegno a Docking@Home; abbiamo attraversato momenti difficili, ad esempio durante l’uragano Irene e il recente aggiornamento del client BOINC, ma molto è stato anche elaborato.

Questa newsletter è stata redatta la Boyu Zhang (uno dei nostri sviluppatori di D@H) con lo scopo di fornirvi informazioni su cosa tiene ci tiene occupati (e tiene occupati i vostri computer) e di svelarvi i nostri piani per il prossimo anno.

Michela Taufer (project leader) continua così la sua presentazione:

Da quando Docking@Home (D@H) è partito nel settembre 2006, il nostro progetto ha continuato a crescere ed elaborare lavoro. La sottostante Tabella 1 riassume, in numeri, lo stato attuale di D@H. Come mostrato dalla tabella, in questi cinque anni di attività di D@H, abbiamo formato una grande comunità di volontari fedeli che contribuiscono alla risoluzione dell’importante problema scientifico di design dei principi attivi.

Simulazioni di self-docking e cross-docking
Quando siamo partiti con Docking@Home nel 2006, inizialmente compievamo la simulazione dell’aggancio proteina-ligando usando i ligandi nella corrispettiva conformazione della proteina (vedi la terza newsletter di Docking per i dettagli). Questo ci ha permesso di capire il processo di aggancio e le interazione atomiche tra proteina e ligando (self-docking). Continua nell'approfondimento...

Risultati delle analisi di Docking@Home
Il processo di aggancio è solo uno dei passagi chiave nella definizione di un principio attivo. Una volta che i risultati (conformazione dei ligandi) sono stati raccolti, è necessario analizzarli e classificarli in base alla qualità. Continua nell'approfondimento...

Nelle simulazioni di cross-docking, quando cerchiamo di emulare la flessibilità della proteina, il numero dei tentativi di cross-docking ed i rispettivi risultati sono molto più grandi di quelli che si ottengono con la semplice simulazione di self-docking.

Se consideriamo un numero M di conformazioni di ligandi, un numero M di conformazioni di proteine e con N il numero di tentativi di aggancio (lavoro distribito ai volontari) per ogni ligando, otteniamo M2∙N lavori. Si noti che M e N sono solitamente numeri molto grandi. Questo fa si che ci siano un gran numero di lavori da eseguire e un gran numero di dati da raccogliere.

Questo pone due nuove sfide al progetto D@H: per prima cosa abbiamo bisogno di più esemplari e basarci ancora di più sul vostro supporto; per seconda cosa dobbiamo lavorare un set di dati molto più grandi. Continua nell'approfondimento...

Siccome le simulazioni di cross-docking per il complesso dell’HIV verranno completate nel dicembre del 2011, abbiamo tracciato una prima tabella di marcia per le prossime simulazioni e analisi.

Come mostra la tabella di marcia, abbiamo incominciato le simulazioni di cross-docking per la proteina dell’HIV all’inizio del 2010, nella quale ognuno delle 26 conformazioni dei ligandi è stata agganciata in 25 conformazioni proteiche, escludendo quelle osservate sperimentalmente, ottenendo 650 complessi.

Per ogni complesso abbiamo raccolto circa 20000 risultati. Attualmente 550 dei 650 complessi sono terminati e ne rimangono 100 da far elaborare. Per la fine del 2011, i complessi per l’HIV dovrebbero essere terminati. E ci sposteremo sulle prossime proteine: la tripsina e la p38alpha; la tripsina ha circa lo stesso numero di complessi dell’HIV, mentre la p38alpha ha approssimativamente la metà dei casi.
Allo stesso tempo, dopo che saranno completate le simulazioni di cross-docking per l’HIV, inizieremo l’analisi dei risultati raccolti e condivideremo con voi le nostre scoperte.

Siamo molto emozionati dallo studio della flessibilità delle proteine attraverso il cross-docking, rimanete sintonizzati con Docking@Home!

Docking@Home sta lavorando attivamente da diversi anni, e si sta evolvendo insieme alla crescita dei progetti. Nessuno di questi eventi incredibili sarebbe potuto accadere senza il vostro aiuto! Tantissimi ringraziamenti a tutti i nostri volontari dal team del progetto Docking@Home! Grazie per rimanere con noi e cercheremo di ascoltarvi attraverso il sondaggio, rendendo l’esperienza del volontariato sempre migliore per il futuro!