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Docking_newsletter_2011Cari amici, l’ultima volta che abbiamo condiviso con voi una newsletter di Docking@Home è stato tanto tempo fa, nel 2009.
Negli ultimi due anni vi siamo stati sempre molto grati per il sostegno a Docking@Home; abbiamo attraversato momenti difficili, ad esempio durante l’uragano Irene e il recente aggiornamento del client BOINC, ma molto è stato anche elaborato.
Questa newsletter è stata redatta la Boyu Zhang (uno dei nostri sviluppatori di D@H) con lo scopo di fornirvi informazioni su cosa tiene ci tiene occupati (e tiene occupati i vostri computer) e di svelarvi i nostri piani per il prossimo anno.


Michela Taufer (project leader) continua così la sua presentazione:

Stiamo organizzando un lavoro emozionante per voi, inclusa una nuova estensione di D@H in forma di gioco, chiamato ExSciTecH, che vi permetterà di eseguire degli agganci di proteine e inviarli ai server D@H; speriamo di riuscire a partire nella primavera del 2012. Siamo anche interessati ad ascoltarvi e leggere i vostri commenti attraverso una indagine anonima disponibile sul sito di D@H.
L’obbiettivo chiave del progetto è il completamento della prima fase della nostra simulazione di cross-docking della proteina responsabile dell’HIV (dovrebbe essere completato entro la fine di quest’anno). Dovremmo essere in grado di avanzare presto alla fase successiva di D@H con il cross-docking di una nuova proteina (la Tripsina).

Vi diremo di più sul cross-docking e quali sfide affronta D@H in questa newsletter e come al solito vogliamo ringraziarvi per la vostra pazienza e supporto.

Docking@Home in numeri
Da quando Docking@Home (D@H) è partito nel settembre 2006, il nostro progetto ha continuato a crescere ed elaborare lavoro. La sottostante Tabella 1 riassume, in numeri, lo stato attuale di D@H. Come mostrato dalla tabella, in questi cinque anni di attività di D@H, abbiamo formato una grande comunità di volontari fedeli che contribuiscono alla risoluzione dell’importante problema scientifico di design dei principi attivi.

N° di lavori distributi al giorno 22.960
N° di ore donate dai volontari al giorno 78.508
N° di FLOPS donati dai volontari al giorno (in miliardi) 1.552
N° di volontari registrati 45.901
N° di volontari attivi 7.105
N° di computer registrati 101.282
N° di computer attivi 11.232

Simulazioni di self-docking e cross-docking
Quando siamo partiti con Docking@Home nel 2006, inizialmente compievamo la simulazione dell’aggancio proteina-ligando usando i ligandi nella corrispettiva conformazione della proteina (vedi la terza newsletter di Docking per i dettagli). Questo ci ha permesso di capire il processo di aggancio e le interazione atomiche tra proteina e ligando (self-docking). Continua nell'approfondimento...

Risultati delle analisi di Docking@Home
Il processo di aggancio è solo uno dei passagi chiave nella definizione di un principio attivo. Una volta che i risultati (conformazione dei ligandi) sono stati raccolti, è necessario analizzarli e classificarli in base alla qualità. Continua nell'approfondimento...

Le nuove sfide
Docking_News2011_Figura_7.4
Nelle simulazioni di cross-docking, quando cerchiamo di emulare la flessibilità della proteina, il numero dei tentativi di cross-docking ed i rispettivi risultati sono molto più grandi di quelli che si ottengono con la semplice simulazione di self-docking.
Se consideriamo un numero M di conformazioni di ligandi, un numero M di conformazioni di proteine e con N il numero di tentativi di aggancio (lavoro distribito ai volontari) per ogni ligando, otteniamo M2∙N lavori. Si noti che M e N sono solitamente numeri molto grandi. Questo fa si che ci siano un gran numero di lavori da eseguire e un gran numero di dati da raccogliere.
Questo pone due nuove sfide al progetto D@H: per prima cosa abbiamo bisogno di più esemplari e basarci ancora di più sul vostro supporto; per seconda cosa dobbiamo lavorare un set di dati molto più grandi. Continua nell'approfondimento...

La tabella di marcia di D@H per il progetto di cross-docking
Siccome le simulazioni di cross-docking per il complesso dell’HIV verranno completate nel dicembre del 2011, abbiamo tracciato una prima tabella di marcia per le prossime simulazioni e analisi.
Docking_News2011_Figura_10.4
Come mostra la tabella di marcia, abbiamo incominciato le simulazioni di cross-docking per la proteina dell’HIV all’inizio del 2010, nella quale ognuno delle 26 conformazioni dei ligandi è stata agganciata in 25 conformazioni proteiche, escludendo quelle osservate sperimentalmente, ottenendo 650 complessi.
Per ogni complesso abbiamo raccolto circa 20000 risultati. Attualmente 550 dei 650 complessi sono terminati e ne rimangono 100 da far elaborare. Per la fine del 2011, i complessi per l’HIV dovrebbero essere terminati. E ci sposteremo sulle prossime proteine: la tripsina e la p38alpha; la tripsina ha circa lo stesso numero di complessi dell’HIV, mentre la p38alpha ha approssimativamente la metà dei casi.
Allo stesso tempo, dopo che saranno completate le simulazioni di cross-docking per l’HIV, inizieremo l’analisi dei risultati raccolti e condivideremo con voi le nostre scoperte.

Siamo molto emozionati dallo studio della flessibilità delle proteine attraverso il cross-docking, rimanete sintonizzati con Docking@Home!

Docking@Home sta lavorando attivamente da diversi anni, e si sta evolvendo insieme alla crescita dei progetti. Nessuno di questi eventi incredibili sarebbe potuto accadere senza il vostro aiuto! Tantissimi ringraziamenti a tutti i nostri volontari dal team del progetto Docking@Home! Grazie per rimanere con noi e cercheremo di ascoltarvi attraverso il sondaggio, rendendo l’esperienza del volontariato sempre migliore per il futuro!

Inviato: 25/02/2013 21:19 da boboviz #89835
Avatar di boboviz
Gattorantolo ha scritto:

Non avevano anche menzionato, da qualche parte, una possibile applicazione GPU se ben mi ricordo? Uccidetemi se l`ho sparata grossa... :ave:


Un paio di anni fa avevano detto di essere al lavoro su un client CUDA, poi il silenzio...
In questi giorni sul forum ci si chiede perchè non aggiornano il client CHARMM, fermo a 5 anni fa, dal momento che le ultime versioni supportano OpenMM....poche risorse umane, probabilmente.
Inviato: 25/02/2013 18:24 da Gattorantolo #89834
Avatar di Gattorantolo
boboviz ha scritto:

Ci aspettiamo che la versione beta di ExSciTecH sarà pronta nella primavera del 2012.


Campa cavallo....

Non avevano anche menzionato, da qualche parte, una possibile applicazione GPU se ben mi ricordo? Uccidetemi se l`ho sparata grossa... :ave:
Inviato: 25/02/2013 14:48 da boboviz #89830
Avatar di boboviz

Ci aspettiamo che la versione beta di ExSciTecH sarà pronta nella primavera del 2012.


Campa cavallo....
Inviato: 03/02/2012 05:58 da baxnimis #75673
Avatar di baxnimis
campos ha scritto:

akd ha scritto:

C'è anche da dire che basta un formattone o qualche pezzo cambiato perchè venga considerato un nuovo computer dal progetto, quindi è normale che ci siano un sacco di pc inattivi...


Cambiare sistema operativo, anche l'aggiornamento di quest'ultimo certe volte ho il sentore che spiazzi e che venga rilevato come un nuovo PC...

Ad Es. Boincstats mi assegna ben 37 host! :eek:

E io ho scaccolato solo su 5 PC fino ad ora! :asd:



:rotfl: :rotfl: :rotfl: io ne ho 67 !!! :rotfl: :rotfl: :rotfl:
Inviato: 02/02/2012 23:47 da octopus91 #75670
Avatar di octopus91
certo questo non l'avevo considerato!

Ad Es. Boincstats mi assegna ben 37 host!

cavolo con 37 host potresti elaborare pure per tutti noi! :rotfl:
Inviato: 02/02/2012 22:06 da campos #75668
Avatar di campos
akd ha scritto:

C'è anche da dire che basta un formattone o qualche pezzo cambiato perchè venga considerato un nuovo computer dal progetto, quindi è normale che ci siano un sacco di pc inattivi...


Cambiare sistema operativo, anche l'aggiornamento di quest'ultimo certe volte ho il sentore che spiazzi e che venga rilevato come un nuovo PC...

Ad Es. Boincstats mi assegna ben 37 host! :eek:

E io ho scaccolato solo su 5 PC fino ad ora! :asd:
Inviato: 02/02/2012 20:39 da akd #75663
Avatar di akd
C'è anche da dire che basta un formattone o qualche pezzo cambiato perchè venga considerato un nuovo computer dal progetto, quindi è normale che ci siano un sacco di pc inattivi...
Inviato: 02/02/2012 17:04 da octopus91 #75652
Avatar di octopus91
Riprendo questa piccola discussione, anche se di qualche mese fa, per far notare una "piccola" cosa:

N° di volontari registrati 45.901
N° di volontari attivi 7.105
N° di computer registrati 101.282
N° di computer attivi 11.232

il rapporto tra volontari attivi e registrati è un pò disarmante, un 15% scarso di utenti attivi... stessa cosa tra computer registrati e attivi (11% di computer attivi), penso che negli altri progetti la situazione non cambi molto.

C'è ancora tanto da fare per far espandere BOINC!
Inviato: 04/12/2011 00:15 da Herr Fritz 27 #73583
Avatar di Herr Fritz 27
Ringrazio Bax per avermela pubblicata, soprattutto impaginata... Grazie!!!
Inviato: 03/12/2011 11:50 da akd #73562
Avatar di akd
Davvero un lavorone! Me la sto leggendo a piccoli pezzi, ma sono contento che ci sia una news da docking!
Complimenti ancora!
Inviato: 01/12/2011 21:45 da Edoardo23 #73510
Avatar di Edoardo23
Molto bello!
Inviato: 01/12/2011 21:00 da campos #73507
Avatar di campos
baxnimis ha scritto:

un LA VO RO NE !!!


Complimenti Herr Fritz :cincin:

Stasera sono troppo suonato per leggerla, ma la leggerò sicuramente a breve! :cincin:
Inviato: 01/12/2011 19:39 da baxnimis #73503
Avatar di baxnimis
un LA VO RO NE !!!

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