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hmmpfam è parte del pacchetto HMMER. Il pacchetto HMMER utilizza il profilo dei modelli nascosti di Markov (HMMs) per caratterizzare regioni di sequenze aminoacide simili nelle famiglie proteiche, gruppi di proteine con funzioni similari trovati in organismi correlati. Il programma hmmpfam ricerca le sequenze proteiche delle proteine con funzione sconosciuta contro un set ben curato di modelli HMM, chiamati Pfam, da famiglie proteiche ben conosciute. Le sequenze proteiche sono assegnate ad una o più famiglie proteiche, sulla base di una combinazione statisticamente significativa, ad un Pfam HMM.
HMMPfam e RMIDb:
Il laboratorio Edwards fornisce il Database di Rapida Identificazione dei Microorganismi (RMIDb - www.RMIDb.org), una risorsa web ed un database liberamente disponibili per l'identificazione di batteri e virus utilizzando la spettrometria di massa. Il RMIDb ricerca sequenze proteiche da tutti i maggiori repository di sequenze proteiche, poi elabora le previste sequenze proteiche da genomi batterici sequenziati, per combinazioni di massa con masse sperimentali da spettri di massa. Le sequenze proteiche sono accuratamente classificate in accordo con razza, specie ed altri gruppi tassonomici ed in accordo con funzione proteica, localizzazione cellulare e processo biologico utilizzando le assegnazioni Pfam elaborate da hmmpfam e le loro classificazioni associate geneontologiche. La classificazione funzionale delle sequenze proteiche deve essere rielaborata utilizzando hmmpfam perché ognuna delle sorgenti delle sequenze proteiche utilizza differenti, a volte conflittuali, criteri per l'assegnazione Pfam, fornendo anche nessuna assegnazione per tutti. La classificazione funzionale delle sequenze proteiche permette di analizzare le proteine con la più alta probabilità di essere osservate per le combinazioni di massa, che diminuiscono il tempo di ricerca e aumentano la significatività statistica delle identificazioni delle speci.
HMMPfam per l'RMIDb su BOINC:
Il laboratorio Edwards sta utilizzando il servizio HMMPfam per elaborare le assegnazioni Pfam per tutte le sequenze proteiche di batteri, plasmi e virus da Swiss-Prot, TrEMBL, GenBank, RefSeq, e TIGR di CMR, oltre ad una serie completa di tutti le plausibili previsioni Glimmer dai genomi batterici RefSeq. Queste sequenze proteiche, e le loro assegnazioni Pfam, sono utilizzate in RMIDb. Il servizio HMMPfam viene utilizzato anche come un modello per le applicazioni bioinformatiche pesanti sull'infrastruttura Lattice Grid, una collaborazione tra i laboratori Cumming ed Edwards.