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lattice

Il laboratorio Cummings ed altri utilizzano GARLI per inferire alberi filogenetici dai dati di nucleotidi o aminoacidi. Svariati modelli di nucleotidi, codoni o aminoacidi sono implementati per la massima stima di verosimiglianza (ML). Multiple ricerche per l'albero ML, così come il calcolo dei valori di bootstrap supportati, sono parallelizzati con The Lattice Project a livello di ricerche euristiche individuali (es. ogni nodo di calcolo ha effettuato almeno un ricerca euristica completa). Questa parallelizzazione è particolarmente utile per una grande quantità di calcoli relativamente corti, come è tipico nelle analisi del modello di bootstrap del nucleotide con un grande numero di ripetizioni.
Il progetto LepTree (www.leptree.net) indaga le relazioni evolutive all'interno dell'ordine degli insetti dei Lepidotteri (falene e farfalle), in particolare taxa superiori come famiglie, superfamiglie ed ordini di mezzo. Questa "filogenesi dorsale" molecolare è basata sull'analisi di 26 geni codificanti delle proteine nucleari (≈9 kb) per gli attuali 123 taxa ma il lavoro su una matrice di 550, 600 taxa è ben avviato. Il principale metodo di analisi utilizzato in questo studio è un modello di ricerca di nucleotidi ML in GARLI. Il modello più comunemente applicato è il modello tempo generalmente reversibile con una distribuzione gamma dei tassi ed una proporzione di siti invanrianti (GTR+G+I). Il progetto LepTree si basa fortemente sulle risorse computazionali fornite da The Lattice Project, dato che l'elevato numero di ricerche euristiche non è possibili eseguirle su una singolo pc desktop. La maggior parte di queste ricerche euristiche consiste nel replicare i bootstrap (più di 2000 per analisi), ma in aggiunta, a causa della natura euristica della ricerca, ricerche multiple (fino a 500) sono necessarie per la fiducia nell'aver trovato l'albero ML. Per il progetto LepTree, molte analisi di questi tipi vengono affettuate, per esempio, per i geni singoli e combinati, partizioni dati sinonime e non sinonime, con e senza vincoli topologici per la verifica delle ipotesi successive. 


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