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AMBITO: Medicina, Matematica
STATO:  CHIUSO 
ATTACH: http://boinc.almeregrid.nl/
VOTO: ( N.P. )

 

Contenitore di altri progetti poco noti collegati al progetto EDGeS.

 

E' la griglia di calcolo della città di Almere (Olanda) e purtroppo il sito ufficiale è scritto per lo più in olandese. Esiste anche un progetto "test" (AlmereGrid TestGrid) utilizzato per testare, appunto, le applicazioni prima di mandarle in produzione nel progetto ufficiale.

 

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Per ulteriori informazioni visitate il thread ufficiale presente nel nostro forum.


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Correlizer - Rilevare i misteri dell'organizzazione del genoma

n102

I genomi sono fantastici custodi dell’informazione genetica e sono il risultato delle replicazioni, mutazioni e selezioni evolutive: l’informazione genetica controlla la maggior parte dei processi a livello cellulare, dalla generazione embrionale fino alle abilità cognitive, manifestandosi in gruppi diploidi di 23 molecole di DNA (46 cromosomi umani), che combinati consistono in circa 3x10^9 coppie base, raccoglibili in circa 2,8 gb di dati.
L’intero genoma, la cui lunghezza molecolare totale è di circa 2 metri, è conservato nei nuclei delle cellule relativamente piccole con un diametri tipici di circa 10 µm o volumi di 500 µm^3. L’organizzazione sequenziale dei genomi, ovvero le relazioni tra le paia di basi lontane e le regioni all’interno delle sequenze, e la loro connessione con l’organizzazione tridimensionale dei genomi sono un problema ancora in maggior parte irrisolto.

Correlizer è stato creato per svelare questi misteri e per gettare le basi per migliorare le diagnosi e le cure per le malattie: sono già state trovate correlazioni con una legge energetica ad ampio spettro sulla maggior parte dell’intera scala osservabile dei 132 cromosomi completamente sequenziati da 0.5 x 10^6 a 3.0 x 10^7 coppie base, variando fra Archaea, batteri, Arabidopsis thaliana, Saccharomyces cerevisiaeSchizosaccharomyces pombe , Drosophila melanogaster e Homo sapiens. I coefficienti di correlazione locali mostrano un comportamento multi scalabile specifico per ogni specie: nei pressi di correlazioni casuali, nell'ordine di poche paia di basi, una prima maxima da 40 a 3'400 paia di basi (per l'Arabidopsis thaliana e la Drosophila melanogaster divise in due submaxima) e spesso una regione di una o più seconde maxima da 10e5 a 3 x 10e5 paia di basi. All'interno di questo comportamento multi-scalabile, è presente un'addizionale struttura sottile ed attribuibile ai codoni utilizzati da tutti, eccetto le sequenze umane, dove è relazionato al legame nucleosomale.

Le sequenze casuali generate dal computer assumono un'organizzazione a blocchi del genoma, il codone utilizzato ed il legame nucleosomale per spiegare questi risultati. Una mutazione ottenuta dal rimescolamento sequenziale distrugge tutte le correlazioni. Così, la stabilità delle correlazioni sembra essere strettamente controllata e connessa all'organizzazione spaziale del genoma, specialmente su larga scala.

La stabilità delle correlazioni sembra essere strettamente controllata a livello evolutivo e connessa con l’organizzazione spaziale del genoma, specialmente su larga scala. In breve, si è visto che i genomi mostrano una complessa organizzazione sequenziale strettamente legata alla loro organizzazione tridimensionale, il che ha portato a nuove intuizioni sui genomi. Tutto questo è importante per la comprensione generale dei genomi, perchè partendo da qui possono essere sviluppate nuove diagnosi e nuove cure. Con le potenti moderne tecniche di sequenziazione interi genomi sono quotidianamente sequenziati a basso costo; attualmente centinaia di genomi completamente sequenziati sono stati, nel frattempo, inseriti in database pubblici. Di conseguenza l’analisi della sequenza genetica acquista sempre più importanza.

 

Avvicinamento all'Organizzazione tridimensionale del Genoma Umano

n103-tLa complessità dell'essere e la bellezza di materia, vita e mente, hanno interessato l'umanità sin da quando possiamo ricordare. Questa affascinante curiosità riguardante l'essere, per esempio colpisce la sua auto riflessività di capire e spiegare la nostra ragione di esistere, potrebbe essere la più alta aspirazione di un'evoluzione olistica autorganizzata sin dal big-bang, per gli essere cognitivi e ancor più oltre della complessa ecologia della cultura umana. Anche se potrebbe non avere la capacità di risolvere completamente la base fondamentale ed il misterioso principio originale, hanno iniziato a trovare considerevoli parti del puzzle con notevole successo, nonostante l'incremento di conseguenze negative alla terra e all'umanità. Questo è il principalmente dovuto alla riduzionistica creazione di conoscenza senza integrazione e l'internazionalizzazione nella pratica culturale che naturalmente è la più difficile, la più alta considerando la complessità, e quindi il suo impatto è maggiore.

I genomi - e specialmente il genoma umano - sono certamente una delle caratteriche più impressionanti e centrali nelle cellule, per quanto riguarda il loro ruolo all'interno dell'evoluzione biologica e della vita, per esempio la loro funzione specializzata di memorizzare e accedere all'informazione genetica. Come su tutti i livelli evoluzionari, l'informazione genetica contenuta nei genomi è intrecciata con il suo inseparabile supporto, così la sua organizzazione sequenziale e tridimensionale sono egualmente importanti per una comprensione genomica. Con l'aumento della complessità della vita, l'informazione genetica e la sua funzionalità sono aumentati rapidamente. Malgrado la scoperta di diversi livelli di compattazione dell'informazione e la codifica organizzazionale genomica, oltre alla completa sequenziazzione dell'ordine delle coppie umane, svelatosi un tremendo successo scientifico, è ancora poco più di una ripartizione puramente riduzionista della complessità genomica, dalla morfologia nucleare al singolo atomo di informazione genetica, il gene. Solo il DNA e la sua compattazione in nucleosomi è nota a risoluzione atomica, ma i seguenti 5 livelli di compattazione sono sempre più speculativi nel genoma umano. Senza integrazione, non solo la bellezza dei genomi nella loro cornice evolutiva scompare, ma inoltre l'uso manipolativo dei genomi sembra questionabile o anche irresponsabile considerare gli impatti dalla terapia genetica alla creazione di nuovi esseri per la vita e la cultura.

Per una completa panoramica del lavoro che segue questo progetto, è stato reso disponibile il seguente libro:

  • Knoch, T. A. Approaching the three-dimensional organization of the human genome: structural-, scaling- and dynamic properties in the simulation of interphase chromosomes and cell nuclei, vilong-range correlations in complete genomes, in vivo quantification of the chromatin distribution, construct conversions in simultaneous co-transfections. Dissertation, Ruperto-Carola University, Heidelberg, Germany, and TAK Press, Tobias A. Knoch, Mannheim, Germany, ISBN 3-00-009959-X, ISBN 3-00-009960-3, 2002.

 


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Stato del progetto: progetto non attivo
Iscrizione libera.

 

Requisiti minimi: nessuno
Gli sviluppatori non segnalano requisiti minimi da rispettare.

 

Screensaver: disponibile

 

Assegnazione crediti: fissati per singola WU/ variabili in base al tempo di elaborazione
Quorum = 2 (se è >1 le WU dovranno essere convalidate confrontando i risultati con quelli di altri utenti).

 

Applicazioni e WU disponibili: vedi scheda "Link"
Cliccare sulle icone relative alle "Applicazioni" ico32_applicazioni e allo "Stato del server" ico32_server.

 

Sistemi operativi supportati: vedi scheda "Info tecniche"

 

Dati specifici sull'elaborazione: vedi scheda "Info tecniche"
Per ottenere dati sulla durata media dell'elaborazione, la RAM necessaria e la dead line, consultare la scheda "Info tecniche" qui a destra. Per informazioni particolareggiate (specifiche per applicazione e sistema operativo, intervallo di backup e crediti assegnati) rifarsi alla pagina dei risultati del progetto WUprop@home.

 

Problemi comuni: nessuno
Non si riscontrano problemi significativi.

 


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Supporto al progetto: supportato
Per unirsi al team BOINC.Italy consultare la scheda "Link" qui a destra cliccando sull'icona relativa al "JOIN" ico32_bi.

 

Referente/i: posizione vacante
Se sei interessato al progetto e vuoi dare una mano diventando referente, contatta i moderatori in privato o attraverso le pagine del forum.

 

Posizione del team nelle classifiche modiali:



Andamento dei crediti giornalieri:



Andamento del RAC:



Statistiche interne: vedi scheda "Link"
Cliccare sulle icone relative alle "Statistiche progetto" ico32_stats o alla "Classifica utenti" ico32_classutenti (solo per iscritti al team).

 

Statistiche BOINC.Stats: vedi scheda "Link"
Cliccare sulle icone relative alle "Statistiche del team sul progetto" ico32_boincstats o alla "Classifica dei team italiani" ico32_statita.

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