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Human Proteome Folding - Phase 2 (concluso)
DescrizioneHuman Protein Folding Phase 2 (HPF2) continua laddove la prima fase ha terminato. I due obiettivi più importanti del progetto sono di: 1) ottenere strutture ad alta definizione di specifiche proteine umane e di proteine patogene e 2) esplorare maggiormente i limiti della predizione della struttura delle proteine sviluppando ulteriormente il software di predizione strutturale Rosetta. Così il progetto si indirizza a due imperativi paralleli molto importanti, uno biologico e l’altro biofisico.
Il progetto, che ha avuto inizio all’ Institute for Systems Biology e adesso continua al Department of Biology and Computer Science dell’Università di New York, raffinerà, usando il software Rosetta in un modo che tiene conto di un maggior dettaglio atomico, le strutture risultanti dalla prima fase del progetto. L’obiettivo della prima fase era di capire la funzione delle proteine. L’obiettivo della seconda fase è di incrementare la risoluzione della predizione per certi sottogruppi di proteine umane. Una migliore risoluzione è importante per molte applicazioni, tra cui l’identificazione attraverso modelli virtuali di bersagli per i medicinali e la loro modalità di attacco. Elaborando alcune proteine ben studiate su World Community Grid (come le proteine del lievito), la seconda fase servirà anche a migliorare la comprensione della fisica delle strutture proteiche e ad avanzare la nostra conoscenza nella predizione delle strutture proteiche. Questo aiuterà anche gli sviluppatori di Rosetta a migliorare ulteriormente il software e l’affidabilità delle sue predizioni.
HPF2 focalizzerà l'attenzione sulle proteine umane secrete (proteine nel sangue e negli spazi tra cellule). Queste proteine possono essere importanti per la comunicazione tra cellule e sono spesso degli indicatori chiave per fare una diagnosi. Queste proteine si sono rivelate utili anche come medicinali (quando sintetizzate e somministrate dai medici alle persone che ne sono carenti). Esempi di proteine secrete umane usate in cure terapeutiche sono l'insulina e l'ormone umano della crescita. Capire la funzione delle proteine secrete umane può aiutare i ricercatori a scoprire la funzione di proteine del sangue e di altri fluidi interstiziali.
Il progetto guarderà anche allo studio delle proteine secrete patogene. Anche se ancora nella sua prima fase, HPF2 si incentrerà sul Plasmodium, l’agente patogeno che causa la malaria. I ricercatori sperano che l’alta risoluzione della predizione della struttura delle proteine secrete dalla malaria servirà da infrastruttura bioinformatica per quei ricercatori che stanno lavorando duramente in tutto il mondo per capire la complessa interazione tra gli ospiti umani e i parassiti della malaria. Benché esistano poche “soluzioni miracolose” e la biologia sia uno dei campi più complicati sulla Terra, i ricercatori pensano che questo lavoro aiuterà a capire le basi di questa interazione ospite-patogeno o perlomeno delle sue componenti. I ricercatori forniranno i risultati delle loro scoperte alla comunità scientifica e successivamente lavoreranno con la comunità per visualizzare, utilizzare e raffinare i dati. Questa comprensione potrebbe poi essere la base per impostare gli interventi.
Il progetto guarderà anche allo studio delle proteine secrete patogene. Anche se ancora nella sua prima fase, HPF2 si incentrerà sul Plasmodium, l’agente patogeno che causa la malaria. I ricercatori sperano che l’alta risoluzione della predizione della struttura delle proteine secrete dalla malaria servirà da infrastruttura bioinformatica per quei ricercatori che stanno lavorando duramente in tutto il mondo per capire la complessa interazione tra gli ospiti umani e i parassiti della malaria. Benché esistano poche “soluzioni miracolose” e la biologia sia uno dei campi più complicati sulla Terra, i ricercatori pensano che questo lavoro aiuterà a capire le basi di questa interazione ospite-patogeno o perlomeno delle sue componenti. I ricercatori forniranno i risultati delle loro scoperte alla comunità scientifica e successivamente lavoreranno con la comunità per visualizzare, utilizzare e raffinare i dati. Questa comprensione potrebbe poi essere la base per impostare gli interventi.
Infine, questo progetto congiunge i sui sforzi con NYU e ISB per sostenere una medicina predittiva, preventiva e personalizzata (dando per presupposto che queste proteine secrete siano degli elementi chiave per la medicina del futuro). E’ troppo presto per dire quali proteine si scopriranno essere dei biomarcatori (sostanze talvolta trovate in quantità eccessiva nel sangue, altri fluidi corporei o tessuti e che possono essere usate per indicare la presenza di qualche tipo di cancro). In ogni caso è chiaro che molte di esse saranno delle proteine secrete. Come per la prima fase del progetto, la potenza di Word Community Grid sarà fondamentale per fornire rapidamente dei risultati ai ricercatori delle comunità biologiche e biomediche.
CONCLUSO
Requisiti minimi:
* Almeno 250 MB RAM (con memoria virtuale abilitata)
* Hard Disk con almeno 100 MB disponibili
* Capacità di visualizzare grafici 8-bit a risoluzione 800x600
* Connessione ad internet almeno a 40kpbs (max 1.5MB x WU)
* Sistema operativo: Windows XP, Vista, 7, 2003, 2008, Mac (only intel CPU), Linux x86 or x86-64
(client disponibile solo 32 bit)