DNA@home - Informazioni generali

Il metodo principale attraverso il quale sono regolati i geni è nella fase di "trascrizione" in cui una molecola chiamata polimerasi legge il DNA a partire dall'inizio del gene fino alla fine creando una molecola di RNA messaggero. Altre molecole, chiamate "fattori di trascrizione", si legano al DNA vicino all'inizio del gene e possono aiutare le polimerasi a lavorare oppure possono ottenere lo scopo inverso inibendole. È la presenza o l'assenza di questi fattori di trascrizione che determina se un gene è "on" o "off". Il problema è che gli scienziati non sanno ancora quali fattori di trascrizione sono responsabili del regolamento di quali geni.

I fattori di trascrizione, per legarsi al DNA, utilizzano delle specie di "tentacoli" che preferiscono legarsi a determinate brevi sequenze di nucleotidi, ma in molti casi noi non sappiamo quale sia questa sequenza. Il nostro software cerca le brevi sequenze dei nucleotidi che appaiono più o meno le stesse vicino agli inizi di diversi geni e che compaiono anche più o meno nella stessa posizione nei genomi di specie affini. Siccome però le sequenze di DNA sono enormi (vanno da milioni a miliardi di nucleotidi) e queste sequenze sono brevi e conservate solo approssimativamente da un sito all'altro, il nostro problema è veramente paragonabile al famoso "ago nel pagliaio" e richiede molta potenza di calcolo.

I nostri piani attuali consistono nell'affrontare il genoma del Mycobacterium tuberculosis per comprendere a fondo come la tubercolosi svolge la sua azione, in modo che altri possano utilizzare tali informazioni per fermare questa malattia che uccide milioni di persone ogni anno. Abbiamo anche in programma di affrontare la Yersinia pestis, la causa della peste bubbonica.