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Domande Frequenti su Folding@home (FAQ)

 FAHlogo



I dettagli del progetto, in generale

Cos'è Folding@home? Cos'è il folding proteico?

Folding@home è un progetto di calcolo distribuito che, detto in parole semplici, studia il ripiegamento, corretto e incorretto, delle proteine. Il ripiegamento proteico è spiegato più dettagliatamente nella sezione scientific background.

Cos'è il calcolo distribuito?

Il Calcolo Distribuito è un metodo di calcolo computerizzata in cui diverse parti di un programma, o diverse porzioni di dati, vengono elaborate simultaneamente su due o più computer che comunicano tra loro in rete o attraverso Internet.

A chi "appartengono" i risultati? Che fine fanno?

Al contrario di altri progetti di calcolo distribuito, Folding@home è gestito da una istituzione accademica (specificatamente il Pande Group, presso l'Università di Stanford - Dipartimento di Chimica), che è una istituzione non a scopo di lucro (nonprofit) dedicata alla ricerca scientifica e all'educazione. Noi non vendiamo i dati raccolti e non ne ricaviamo del denaro.

Oltre a ciò noi rendiamo disponibili i dati ad altri perché li usino. In particolare i risultati di Folding@home sono disponibili a vari livelli. Soprattutto, le analisi delle simulazioni vengono sottoposte alle riviste scientifiche per la loro pubblicazione, e gli articoli di queste riviste vengono inseriti nella pagina web dopo la pubblicazione. In seguito, dopo la pubblicazione di questi articoli scientifici sull'analisi dei dati, gli stessi dati grezzi delle elaborazioni vengono resi dispobili a tutti, inclusi altri ricercatori, qui su questo sito.

Come posso vedere quanta altra gente vi partecipa?

Cosa è stato "ripiegato" sino ad ora, e quanto ho fatto io?

Abbiamo molti tipi di statistiche sugli utenti e sul lavoro eseguito nella nostra sezione delle Statistiche. Puoi verificare le tue statistiche Individuali , le statistiche del Team , e le statistiche complessive del Progetto. Dai una occhiata anche alle sezioni dei Risultati e dei Riconoscimenti.

Cosa ha completato il progetto sino ad ora?

Siamo stati in grado di ripiegare parecchie proteine nell'intervallo di tempo dei 5-10 microsecondi e i risultati della nostra cinetica sono stati validati sperimentalmente. Questo è un progresso fondamentale rispetto al nostro lavoro precedente. Pubblicazioni scientifiche dettagliate sui risultati si trovano nella sezione dei Risultati. Ci stiamo ora muovendo verso altre importanti proteine utilizzate negli studi di ripiegamento, nell'ambito della biologia strutturale, così come verso proteine coinvolte nelle malattie. Esistono molti lavori di revisione pubblicati sulle riviste top di settore (Science, Nature, Nature Structural Biology, PNAS, JMB, etc) derivanti dalle ricerche di FAH. Attualmente il progetto FAH conta un numero di pubblicazioni superiore a quello di tutti gli altri progetti di calcolo distribuito messi insieme!

Perché non usare semplicemente un supercomputer?

I moderni supercomputer sono essenzialmente cluster di centinaia di processori collegati da una rete veloce. La velocità di questi processori è comparabile (e spesso inferiore) a quella dei PC! Così se un algoritmo, come il nostro, non necessita di una rete veloce, girerà alla stessa velocità sia su un supercluster sia su un supercomputer. Comunque la nostra applicazione non necessita solo delle centinaia di processori che si trovano nei moderni supercomputer, bensì di centinaia di migliaia di processori. Quindi i calcoli eseguiti da Folding@home non sarebbero possibili in nessuna altra maniera! Inoltre, anche se avessimo accesso esclusivo a tutti i supercomputer del mondo, avremmo a disposizione una potenza di calcolo inferiore a quella generata dal cluster di Folding@home! Questo è possibile dal momento che i processori dei PC sono oggi molto veloci e ci sono centinaia di milioni di PC che girano a vuoto nel mondo.

Posso far girare Folding@home su un PC non mio?

Sei pregato di far girare Folding@home solo sui computer che possiedi o per i quali hai ottenuto il consenso del proprietario a far girare il nostro software. Per fugare ogni dubbio (ad es. se vuoi far girare il software sui computer al lavoro), ti consigliamo di ottenere una approvazione scritta (cioè chiedi al tuo superiore di firmarti una lettera in cui ti da l'autorizzazione); abbiamo verificato che la documentazione scritta di questo tipo è importante ove dovessero sorgere discussioni sul fatto che l'autorizzazione fosse stata effettivamente data. Sei pregato di non limitarti a supporre che l'autorizzazione venga data dal proprietario. Qualsiasi altro uso di Folding@home viola infatti l'accordo di licenza con l'utente finale (EULA), e in generale non è comunque una buona idea.

Cosa succede in caso di sospetta violazione della licenza (EULA)?

Se c'è qualche sospetto di una violazione dell'EULA, noi tentiamo di contattare l'utente donatore. Molti utenti usano l'indirizzo email come nick e questo aiuta. Se non abbiamo in mano alcuna informazione sull'utente ma ci è stato adeguatamente dimostrato che si è verificato un caso di violazione dell'EULA, noi azzeriamo i punti dell'utente e non permettiamo che alcun nostro software possa girare a nome di quell'utente. Questa decisione può essere annullata se ci sono sufficienti informazioni per scagionare l'utente. Per entrare in contatto con noi in situazioni di questo tipo, l'utente dovrebbe contattare uno dei membri del Pande Group o uno dei Moderatori del forum (http://foldingforum.org).

Quali sono i requisiti minimi del computer?

Tutti i computer possono contribuire a Folding@home. Comunque se il computer è troppo lento (i.e. non è stato comprato negli ultimi 3-4 anni) potrebbe non essere abbastanza veloce da terminare l'elaborazione delle unità di lavoro in tempo utile. Un Pentium 3 a 450 MHz o equivalente (con istruzioni SSE) è in grado di completare l'elaborazione prima del tempo limite.

Perché non rendete disponibile il codice sorgente?

Molte delle parti critiche dei software di FAH sono disponibili al pubblico. I codici sorgente di Tinker e Gromacs possono essere scaricati ed eseguiti. Diversamente da molti altri progetti, la cosa essenziale non è la funzionalità ma l'integrità scientifica. Rendere disponibile il codice sorgente completo, dando la possibilità a qualcuno di analizzarlo e modificarlo per produrre dei risultati falsati scientificamente, renderebbe l'intero progetto inutile.

Comunque insistiamo sul fatto che la maggior parte del nostro codice è già open source. C'è anche una Open Source FAQ per maggiori dettagli.

Problemi di rete

Il mio client è stato assegnato all'indirizzo IP 0.0.0.0. Cosa succede?

Ogni tanto capita che non abbiamo lavoro per tutte le piattaforme. Quando questo succede, noi non distribuiamo dei doppioni delle unità di lavoro perché non realmente necessari. Preferiamo tenere alcuni computer in attesa verificando frequentemente se c'è del nuovo lavoro piuttosto che tenerli occupati per lungo tempo a fare un lavoro che non ha bisogno di essere completato. Anche se il tuo computer attraversa occasionalmente periodi di inattività, noi valutiamo comunque la tua disponibilità. Se invece questa situazione perdura allora chiedi aiuto nel Forum perché non è affatto normale.

Il mio client è sempre assegnato all'indirizzo IP 171.64.122.121. Cosa succede?

Questa è una cosa molto rara, ma quando accade è il segno che ci sono dei problemi seri. Sei pregato di scrivere un post sul nostro forum segnalando il problema e un membro del Pande Group o un Moderatore vedranno di risolverlo. Ciò che succede è legato al sistema di sicurezza di FAH che cerca di far lavorare bene i server con i PC che hanno un comportamento normale.

Non posso accedere alle pagine web il cui indirizzo inizia con http://fah-web.stanford.edu, come per le statistiche -- Cosa succede?

Se qualcuno accede alla pagina delle statistiche troppo spesso (ad es. con uno script automatico), il nostro server web lo individua e banna il suo IP per impedire che una singola persona si prenda troppa banda a discapito degli altri. Se ti succede questa cosa sei pregato di scrivere un post sul nostro forum segnalando il problema e un membro del Pande Group o un Moderatore vedranno di risolverlo.

Ho un modem. Posso usare Folding@home?

Si. FAH può essere configurato per connettersi automaticamente, o per aspettare che tu ti connetta. Potrebbero esserci dei problemi usando il modem con le versioni a screensaver del software. Se hai dei problemi di questo tipo potresti considerare l'idea di usare la versione "a riga di comando" (console) di Folding@home.

Ho un firewall. Posso usare Folding@home?

Si. Configura il tuo Firewall o il tuo server Proxy andando nel pannello di configurazione del client. Puoi aprire il pannello di configurazione cliccando con il pulsante destro del mouse sulla finestra grafica di FAH o cliccando sull'icona nella barra delle applicazioni. I client di tipo "a riga di comando" (console) possono essere configurati lanciando l'eseguibile con l'opzione -config.

Errori

Il programma di installazione di Folding@home per Windows non fa niente.

Se stai tentando di installare la versione grafica di Windows o lo screensaver, e vedi una scritta del tipo "Setup is starting...", ma poi non accade niente altro (nemmeno messaggi di errore), il problema è probabilmente dovuto alla presenza di altri file chiamati "setup.exe" in qualche cartella tra quelle privilegiate dalle impostazioni di Windows (ragionevolmente i colpevoli vanno cercati nella stessa cartella in cui c'è il programma di installazione di FAH, nel desktop o in qualche cartella dei file temporanei). Va inoltre ricordato che possono esistere diverse cartelle temporanee, dipende dal sistema operativo. Trovare e rinominare (o rimuovere) questi file "setup.exe" dovrebbe risolvere la situazione.

Folding@home sembra strano (Windows) o causa errori di segmentazione (Linux).

Folding@home richiede almeno 64 MB di RAM. Succedono cose bizzarre quando Windows lavora con poca memoria, su Linux invece la versione a comando in linea da semplicemente errori di segmentazione.

Il mio screensaver è uno schermo nero con piccoli puntini vaganti.

Pensiamo di aver diagnosticato il problema. Sembra essere causato da un monitor o una scheda video che non supporta i colori a 8-bit. Abbiamo inoltre verificato che ci sono problemi con alcuni vecchi driver grafici. Se hai dei problemi ti invitiamo ad assicurarti di avere installato i più recenti driver grafici e OpenGL.

Ho un errore del tipo "Network Recv Timeout" sulla versione con editor in linea (o nel file scrlog.txt).

Se quello che vedi è simile a...

Deleting files IP = 171.64.122.81 Network Recv Timeout GetWork Failed

...allora non preoccuparti. Il client ha problemi a connettersi al server e aspetta per riprovarci. Occasionalmente abbiamo dei problemi con i server, e alcuni utenti potrebbero risentirne. Se aspetti pazientemente per un po', si riconnetterà da solo. Se invece non riesce a connettersi per un giorno o giù di lì, allora sarebbe meglio rilanciare il programma o addirittura reinstallarlo. Per la versione con comando in linea premi CTRL+C per chiudere correttamente il programma, poi rilancialo. (Nota: questa possibilità è stata introdotta di recente, quindi potrebbe non funzionare sulla tua versione, ma tu in qualche modo devi chiudere comunque il programma.)

I giochi Open GL non funzionano o la loro finestra viene minimizzata quando uso la versione grafica di FAH.

I giochi OpenGL non funzionano o la loro finestra viene minimizzata quando uso la versione grafica di FAH. C'e un problema ben noto quando sia FAH che altre applicazioni utilizzano OpenGL, che sono poi principalmente dei giochi. Questo problema non è dovuto a FAH ma piuttosto a OpenGL, usato nella versione grafica di FAH, che non permette di essere utilizzato da due programmi simultaneamente. La soluzione potrebbe essere quella di disinstallare la versione grafica ed installare quella a comando in linea. Grazie a Spectre e ellroy80 per il contributo a questa voce della FAQ.

Folding@home e Genome@home

Cos'è il progetto Genome@home e in che relazione è con il progetto Folding@home?

Genome@home era un altro progetto di calcolo distribuito del Pande Group Lab. Il 15 Aprile 2004 il progetto si è concluso. Puoi trovare maggiori dettagli alla pagina http://genomeathome.stanford.edu/

Lo scopo di Genome@home è la progettazione delle proteine e le sue applicazioni. Una delle applicazioni principali della progettazione di proteine è per noi la creazione di vaste librerie di sequenze proteiche, in un certo senso il "riprogettare" o il fare il "reverse-engineering" di un genoma esistente (da qui il nome "Genome@home"). Un'altra applicazione della progettazione di proteine è il tentativo di capire perché le proteine si ripiegano, perché a volte si ripiegano in modo errato e perché si aggregano. Questa è la questione principale di Folding@home ed è direttamente collegata ai nostri studi del ripiegamento, corretto o errato, delle proteine così come è correlata alle malattie da errato ripiegamento proteico, quali l'Alzheimer, l'ALS, ecc.

Cosa succede se seleziono la voce 'gah'?

Abbiamo rilasciato alcune WU cone non generano del lavoro successivo quindi non hanno bisogno di deadline. Queste cosidette WU "illimitate" sono sul server e puoi richiederne una selezionando sul client la voce 'gah'. Queste WU sono ottime per PC lenti o PC che non sono connessi a Internet. Nelle versioni del client successive alla 5.00 vengono indicate esplicitamente le WU senza deadline.

Note:
* Recentemente è venuta a mancare la disponibilità di WU senza deadline a causa degli studi che stiamo facendo (che non sono tra loro compatibili), ma non è detto che possano tornare disponibili.
* Se configuri un computer lento per ricevere WU senza deadline, a quel computer saranno assegnate SOLO quel tipo di WU (e nessun'altra) quindi il tuo computer potrebbe rimanere inattivo per molti, molti mesi.
* Per computer che riescono a rispettare le deadline, è preferibile che tu li riconfiguri per accettare le normali WU.

Funzionamento

Ho appena terminato una WU e ne ho ricevuta un'altra della stessa proteina. C'è qualcosa di sbagliato?

No, tutto è utile. Stiamo studiando le dinamiche di molte proteine, quindi potresti ricevere lavoro per la stessa proteina (e con lo stesso numero di progetto) molte volte. Ogni WU ci da una informazione in più sulle dinamiche di quella proteina, quindi per noi è importante. Inoltre se distribuissimo solo una WU per proteina, non impareremmo molto. Ogni WU è identificata dai parametri 'Project number', 'Run', 'Clone', e 'Generation number'.

Folding@home gira su computer multi processore o multi-core?

Si, facendo girare una delle versioni SMP per computer ad alte prestazioni, su Linux-64, OSX/Intel, o Windows. Vai alla pagina dei Download , e leggi la FAQ per client ad alte prestazioni.

Per le altre piattaforme i processori in più devono girare singolarmente su un client a comando in linea, versione console (con l'argomento "-local" inserito nella riga di comando se si tratta di Windows). Per prima cosa è necessario creare delle cartelle addizionali, una per processore, e copiarci l'eseguibile di FAH. Poi bisogna configurarli inserendo "-config" nella riga di comando e impostando i parametri per ognuno. E' molto importante essere certi che nella sezione "Advanced Settings" delle impostazioni avanzate, a ciascuna copia dell'eseguibile sia associato un unico ID di macchina (da 1 a 8, fino a per i client v6). La prima avrà di default un ID di macchina 1, le successive dovrebbero avere degli ID pari a 2, 3, 4, ecc. Ognuna poi può essere lanciata dalla cartella di installazione utilizzando il parametro "-local" sulla riga di comando. Si raccomanda di non usare più di un client per ogni core fisico della CPU.

C'è qualcosa di particolare che devo fare per usare FAH su un cluster?

L'aspetto più importante da considerare è che bisogna essere sicuri che il CPUID sia unico per ogni computer. Per evitare questo può aiutare il fatto che le versioni per Windows (v3 e successive) memorizzano gli ID nei file di registro mentre le versioni per Linux (v3.11 e successive) su uno speciale file chiamato MachineDependent.dat.

Modi per evitare gli ID duplicati:

  1. Se si installa ogni client separatamente, è pressoché impossibile avere problemi di duplicazione dell'ID.
  2. Se si usa le versioni recenti per Windows su un computer a singolo processore, tutto dovrebbe filare liscio (per i dual-core o successivi vedere sopra).
  3. Per un cluster Linux, è necessario essere certi di copiare le cartelle ma NON COPIARE il file MachineDependent.dat. Questo file verrà generato automaticamente dal client per ottenere un nuovo ID.

Perché dovrei aggiornare il software di Folding@home alla versione più recente?

Noi miglioriamo continuamente il software di Folding@home e gli aggiungiamo nuove funzionalità. Le nuove versioni vengono rilasciate per risolvere i problemi riportati dagli utenti allo scopo di far girare il progetto il più stabilmente possibile.

In che modo vi vengono inviati i risultati?

Il tuo computer invia automaticamente i risultati al nostro server non appena termina una work unit, e a quel punto scarica anche del nuovo lavoro.

Posso scaricare più di una work unit alla volta?

Gli algoritmi che utilizziamo lavorano meglio se ognuno scarica una work unit alla volta e la riporta una volta completata. E' per questo motivo che non c'è modo di scaricare più work unit alla volta. Se hai più processori sul computer, allora è possibile che ognuno lavori su una diversa work unit; guarda cosa devi fare qui. Non cercare di elaborare due work unit su computer differenti che però usano la stessa cartella di dati sullo stesso file system. Ogni client DEVE girare in una cartella separata.

Quanto tempo serve per terminare una work unit? Come viene misurata una work unit?

Il tempo varia, ovviamente, in base alla velocità del computer e alle dimensioni della proteina da studiare. Vengono generate work unit di differente grandezza in base sia alla proteina sia alle proprietà che se ne studiano. Nella pagina Project Summary ci sono tutte le informazioni sulla dimensione delle proteine e sulle deadline ad esse associate.

Posso far girare contemporaneamente la versione grafica e quella a riga di comando? Cosa succede se faccio girare due versioni a riga di comando?

Si, ma SOLO se hai un sistema multi-processore o multi-core, e installi il software in cartelle differenti. Inoltre NON devi copiare i file da una cartella all'altra. Questo confonde i client.

  1. Non riceveresti crediti per il lavoro eseguito.
  2. Non sarebbe usato per alcuna ricerca scientifica.

Invece devi installare un client per cartella. Sei però hai già copiato il programma in più cartelle e stai cercando di farlo funzionare, trova il file client.cfg e cancellalo. Al successivo avvio del client FAH, verrà creato automaticamente un nuovo file client.cfg e otterrà un nuovo ID dai server del progetto. La versione grafica per CPU su Windows deve avere l'ID pari a 1, gli altri client possono quindi avere il 2, 3, 4, ecc.

Come posso essere certo che i miei risultati sono stati inviati ed utilizzati? Come posso quantificare il lavoro che ho elaborato?

Per trovare i dati che hai inviato basta verificare alla pagina delle Statistiche; puoi trovare le tue stats individuali, del team e quelle complessive di FAH. Se il tuo computer ha effettivamente inviato dei risultati allora dovresti trovare il tuo nome su quella pagina, insieme al numero delle work unit completate. Se invece il tuo nome non c'è ma il software che hai installato sembra girare senza problemi, allora o non hai ancora terminato una work unit (potrebbe durare alcuni giorni o anche di più su computer vecchi) o gli elenchi non sono ancora stati aggiornati. Torna a controllare uno o due giorni dopo e dovrebbe esserci... sempre che tu ricordi esattamente che nome hai inserito come donatore. :)

Perché modificare la priorità del processo sfruttando il task manager non influenza le performance di calcolo?

Come posso modificare manualmente la priorità di Folding@home?

Il lavoro vero e proprio è fatto dal processo "fahcore", non dal client, quindi cambiando la priorità del client non modifica le performance di calcolo. La priorità del fahcore è impostata su "idle" di default (anche se risulta come "normale" sul Task Manager). Il client è già progettato per sfruttare tutto il tempo CPU inutilizzato, quindi cambiare la sua priorità non è necessario. Se invece il client FAH compete con un altro processo in priorità "idle" come ad esempio uno scan di un antivirus, allora esiste una opzione per farlo girare a priorità "low". Basta avviare il client a comando di linea con il parametro "-config" per modificare questa impostazione.

Posso far girare Folding@home contemporaneamente a SETI@home o altri progetti BOINC?

Si, SETI@home e altre applicazioni di calcolo distribuito posso girare assieme a Folding@home, a condizione che il tuo sistema abbia abbastanza memoria. Alcuni programmi, incluso SETI@home, girano ad una priorità superiore a quella di Folding@home e questo gli impedisce di funzionare se vengono lanciati contemporaneamente. Se noti che il client FAH non gira, puoi risolvere il problema abilitando l'opzione "Slightly Higher Priority". Questo può essere fatto sulla pagina delle opzioni avanzate per il client grafico di FAH, oppure lanciando il client a comando di linea con il parametro "-config".

Nota: Le work unit di FAH sono sensibili al fattore tempo metre tipicamente per altri progetti questo non vale, quindi noi raccomandiamo con enfasi di dare a FAH una priorità più alta, o di dedicargli un core, permettendo agli altri progetti di usare le rimanenti risorse del computer.

C'è un limite al tempo che il mio computer può prendersi per terminare le work unit (WU)?

Si. Le work units rispettano una sequenza. Quando viene riconsegnata una WU completata, dai suoi risultati ne viene generata un'altra. Questo accade molte volte all'interno di ogni progetto (gruppo di WU). La prima generazione di work unit deve essere completata e riconsegnata prima che la seconda generazione venga creata e distribuita.

Per essere certi che questa sequenza generazionale continui, dobbiamo imporre delle deadline (tempo massimo di riconsegna, consigliato e finale) nell'eventualità che le work unit non vengano riconsegnate a tempo debito (perse, annullate o altro). Queste WU non completate o non riconsegnate, "spirano" e vengono riassegnate ad altri computer. Si riceve crediti per tutte le WU completate e riconsegnate prima del tempo limite consigliato. Comunque, superata la deadline consigliata (preferred), il tuo contributo non sarebbe così utile scientificamente dal momento che una copia della work unit deve essere inviata ad un altro utente. Anche se tu alla fine completi la work unit, comunque l'altro utente deve elaborare la copia per assicurare l'avanzamento della ricerca scientifica. Non sarebbe corretto non attribuire i crediti al secondo utente.

In ogni caso, vengono riconosciuti i crediti per le WU conpletate e consegnate prima della deadline finale. Dopo questa deadline il client annulla automaticamente la work unit e scarica nuovo lavoro. Se hai problemi a completare le work unit prima della deadline consigliata, si raccomanda di far girare FAH per più ore al giorno oppure farlo girare su computer più veloci.

Se vengono generate WU più grosse e più lunghe, viene esteso anche il tempo limite di completamento di conseguenza. Le deadline variano da pochi giorni a molte settimane, in funzione della natura delle WU. Avere indietro le work unit solo poco prima della deadline finale non è la cosa migliore per FAH. E' molto più utile per il progetto che le work unit siano riconsegnate il più velocemente possibile. Come queste deadline vengono determinate è spiegato più avanti nelle FAQ.

Posso far girare la versione Linux su sistemi FreeBSD?

Si. Segui questa procedura:

Installa gli emulatori/Linux_base dal CD di FreeBSD.

Modifica il file /compat/Linux/etc/yp.conf inserendo il nome corretto del server.

Scarica la versione console per Linux (FAHxConsole, dove x sta per il numero della versione) e spostati in quella cartella.

Esegui il comando: % brandelf -t Linux FAHxConsole

Dalla versione 3.24, tutto quello che devi fare è specificare il parametro "-freeBSD" lanciando il client,

Esegui il comando: % ./FAHxConsole -freeBSD e il client adatterà automaticamente le applicazioni che scarica. Per le versioni antecedenti alla 3.24, il parametro "-freeBSD" non è supportato e bisogna invece seguire questa procedura:

dopo aver lanciato il client, aspettare fina a che scarica il core, poi eliminare la cartella dei lavori.

Esegui il comando: % brandelf -t Linux FahCore_65.exe

Esegui il comando: % ./FAHxConsole

ed è fatta!

E per quello che riguarda OpenBSD?

Funziona più o meno allo stesso modo di FreeBSD (vedi FAQ precedente). Segui questi passi:

1. Installa /usr/ports/emulators/redhat/base dalle ports 3.4 o successive. Se hai una versione precedente, o preferisci usare i pacchetti, installa redhat_base-8.0p2. 2. Prepara uno script che reindirizzi le chiamate a brandelf verso elf2olf, in modo da identificare correttamente i core binaries. Questo script può essere scaricato da http://www.schnarff.com/brandelf, oppure fatto all'istante:

  1. !/bin/sh

    elf2olf -v -o linux $3

  2. In ogni caso assicurati che lo script sia eseguibile e contenuto nella stessa cartella di FAH.
  3. Assicurati di usare il client Linux Console version B, dato che la versione A non va bene (coredump).
  4. Quando lanci il client, usa il parametro "-freeBSD", così da identificare correttamente in modo automatico i core binaries.

Cos'è l'instabilità della simulazione?

La simulazione della dinamica molecolare implica una grossa mole di calcoli. Ogni elaborazione consiste in un certo numero di passi temporali (molto piccoli). Ad ogni passo temporale la posizione dei vari atomi viene calcolata e aggiornata in base a un certo numero di fattori. A volte capita che la simulazione porti a degli stati non validi (i.e. gli atomi sono troppo vicini, i legami hanno degli angoli impossibili in natura, ecc.). In casi come questo il calcolo si interrompe e l'informazione viene inviata al server. Al client poi viene assegnato altro lavoro. Se il tuo computer ha un funzionamento stabile allora tu non hai fatto niente di sbagliato. Su computer instabili invece, è possibile che l'instabilità della simulazione sia dovuta da un errore del sistema piuttosto che da motivazione intrinseche della work unit. E' per questo che la work unit vien inviata ad un altro utente se è già stata elaborata terminando con uno stato di instabilità. Per ogni progetto noi ci aspettiamo che ci sia una piccola percentuale di unità che terminano legittimamente con uno stato di instabilità.

Cosa succede se spengo il computer? Il lavoro viene salvato (i.e. checkpoint)?

Periodicamente il software salva i dati sull'hard disk e così, se chiudi il client, potrai poi ricominciare ad elaborare quella WU da un punto che comunque non è quello iniziale. Con il core "Tinker" questo accade alla fine di ogni frame. Con il core "Gromacs" non c'è un punto preciso in cui accade, i checkpoint non sono legati ai dati salvati poi nei risultati. Inizialmente era stato impostato per salvare ad ogni incremento del 1% dell'elaborazione (similmente ai 100 frame del core Tinker) mentre in seguito è stato aggiunto un salvataggio ad intervalli di 15 minuti, in questo modo anche sui computer lenti non vengono mai persi più di 15 minuti di lavoro.

Con proteine più complesse e più lunghe da elaborare, è meglio avere più frame in una WU per non perdere tanto lavoro in caso di interruzione - - da qui le WU che hanno 400 frame invece di 100. Questa strategia non prende in considerazione la velocità del computer. Un computer veloce completa un frame in pochi minuti mentre uno lento potrebbe metterci ore; il donatore con il computer lento non vuole perdere il 99% di quelle "ore" mentre quello con il computer veloce non vuole un sovraccarico di scrittura sull'hard disk dovuto a quei "pochi minuti" - - ed entrambi non gradiscono il lungo tempo di invio dei risultati a causa dei molti frame.

A partire dalla versione 4.x del client è possibile modificare il valore di default di 15 minuti (range 3-30 minuti).

Grazie a Bruce Borden per questa voce delle FAQ.

Quali sono i comandi disponibili per i client a riga di comando?

La lista completa dei comandi disponibili viene mostrata quando si lancia il programma con lo switch -help. Una completa spiegazione dei comandi è comunque disponibile nella Wiki di FAH ( Quali sono e come usare i flag del client a riga di comando).

Statistiche, team, username

Come posso cambiare il mio username (nome del donatore)?

Il modo più semplice per cambiare il tuo username è quello di andare sul pannello di configurazione (tasto destro del mouse sulla finestra della grafica oppure cliccando sull'icona nella barra delle applicazioni). Puoi cambiare il tuo username in qualsiasi momento. Sappi però che i crediti assegnati per le work unit già completate rimangono legati al vecchio username.

Come posso unirmi o creare un team?

Per creare un team devi inserire i dati in questo modulo. Per unirti ad un team è sufficiente inserire il numero del team nel pannello di configurazione (sui client grafici) o inserirlo la prima volta che avvi il client a linea di comando.

Sto facendo girare FAH su diversi computer protetti da un firewall. Possono avere lo stesso username?

Si. Gli si può associare lo stesso username.

Ci sono dei caratteri speciali da non inserire nello username?

Si. Noi raccomandiamo caldamente di limitarsi a lettere, numeri e underscore. Al momento riserviamo i caratteri # ^ ~ | per usi speciali. # è usato per la differenziazione in caso di firewall. Abbiamo riservato ^ | e ~ per altri problemi che potrebbero sorgere in futuro. E' meglio non usare gli "spazi" nel nome, meglio utilizzare gli underscore "_" al loro posto. E per finire facciamo notare che i nomi sono sensibili alle lettere maiuscole/minuscole, quindi "Dave" e "dave" e "dAVE" sono considerati diversi.

Come decidete quanti crediti/punti assegnare a una work unit?

Prima di emettere delle nuove work unit le testiamo su un computer dedicato, un Pentium 4 2.8GHz con SSE2 disabilitato (più specificatamente, come riportato sul /proc/cpuinfo di Linux: vendor_id : GenuineIntel, cpu family : 15, model : 2, model name : Intel(R) Pentium(R) 4 CPU 2.80GHz, stepping : 9, cpu MHz : 2806.438, cache size : 512 KB). Questo computer gira su Linux, quindi tutte le WU vengono testate sotto Linux.

Poi inseriamo i risultati del benchmark nella formula seguente:

punti = 110 * (giorniPerWU)

dove giorniPerWU è il numero di giorni necessari al completamento della work unit. Questa equazione è stata scelta per equiparare i crediti delle WU Gromacs al precedente sistema di crediti. Il risultato è che le WU Tinker valgono di più rispetto a prima che impostassimo il nuovo sistema di crediti (i.e. prima dell'aprile 2004).

Da notare che l'utilizzo di un computer di riferimento significa che il comportamente di alcune WU può essere diverso se rapportato al tuo computer. Persino tra i P4 ci sono delle differenze significative nelle architetture adottate nel corso degli anni. Inoltre le veriazioni tra le stesse WU di FAH possono portare a diversi risultati dei benchmark.

Il nostro scopo è la consistenza dei risultati dato un ben definito computer per i benchmark (vedi sopra), ma sia la naturale variabilità che esiste tra computer e computer, sia quella tra WU e WU, non permetteranno a qualsivoglia sistema di crediti di riflettere esattamente il comportamento del tuo computer. Per approfondimenti vedere la FAQ sui crediti

Come decidete le deadline per le work unit?

Ogni work unit viene testata su un computer di riferimento, un Pentium 4 a 2.8GHz con SSE2 disabilitato. Per la maggior parte delle WU (sebbene possano esserci delle eccezioni, descritte nel prossimo paragrafo), applichiamo l'equazione:

deadline consigliata = tempo limite = 20 * (giorniPerWU) + 2

deadline finale = max(30 * (giorniPerWU) + 2, 10)

dove giorniPerWU è il numero di giorni necessari al completamento della work unit. Il "+2" viene inserito per dare un po' di tempo in più alle WU veloci (in caso di down dei server e così via). Se 30*giorniPerWU è inferiore a 10 allora noi impostiamo la deadline a 10 giorni, inteso come minimo ammontare di giorni qualsiasi sia il progetto. Il tempo limite è il tempo oltrepassato il quale la WU è inviata in copia ad un altro utente, la deadline finale è il tempo limite per ricevere crediti per quella WU.

Occasionalmente le deadline possono essere più corte o più lunghe di quelle ricavate dalle equazioni scritte sopra; la ragione principale dell'esistenza delle deadline è che prima abbiamo i risultati, prima li possiamo utilizzare. I diversi progetti potrebbero avere delle necessità diverse lato server così da richiedere deadline più corte o da permetterne di più lunghe (es. i calcoli su "pfold" possono spesso essere portati avanti senza alcuna deadline, invece quelli su "MREMD" funzionano meglio con deadline molto strette). I server che distribuiscono le WU prendono in considerazione le performance dei computer a cui assegnarle, questo per permettere ai computer più lenti di ricevere le work unit più appropriate per loro.

Come posso ottenere una copia di tutte le statistiche attuali?

Puoi scaricare i file http://fah-web.stanford.edu/daily_user_summary.txt o http://fah-web.stanford.edu/daily_team_summary.txt. Questi file vengono aggiornati ogni 6 ore. Attenzione a NON contattare continuamente, in modo automatico, le pagine delle statistiche perchè tali comportamenti possono venire sanzionati con il ban permanente del tuo IP.

Miscellanea

Cosa mostra la grafica delle proteine?

Noi utilizziamo diverse rappresentazioni delle proteine, atomiche, con i legami, o di Richardson. I colori vengono utilizzati per evidenziare specifiche parti (potrebbero essere dei particolari atomi, tipi di atomi, caratteristiche strutturali, dipende dal contesto). Per saperne di più, su Wikipedia ci sono degli interessanti articoli su questo argomento:

Quale è l'origine del logo di FAH?

Il nostro logo è una rappresentazione astratta del nostro obiettivo: partire dalla decodifica della sequenza proteica nel genoma per andare verso la struttura della proteina stessa. La doppia elica sulla sinistra indica il genoma (il DNA è una molecola a doppia elica) mentre le frecce sulla destra sono la rappresentazione della struttura proteica (la struttura piana beta viene spesso rappresentata con un nastro e delle frecce).

Avete dei pulsanti web che posso scaricare per utilizzare come link al vostro sito?

Cosa ne pensi di questo?

 FAHlogoButton

Quanto costa far girare FAH 24/7 su un computer?

A grandi linee una CPU consuma tanta potenza (watt) quanto una lampadina ad incandescenza. E' a disposizione un report sul consumo del computer redatto dai laboratori governativi Lawrence Berkeley, e si possono trovare in rete altri documenti sull'argomento. Sebbene molti degli alimentatori dei computer sono da 500 watt, il consumo medio è inferiore. In media un Pentium consuma circa 100 watt (a monitor spento). Quindi la differenza giornaliera tra far girare FAH o no è di circa 24x100 = 2.4 kWh. Al costo di 0.30€ per kWh costa 0.72€ al giorno. In generale l'illuminazione e il condizionatore consumano molta più potenza dei computer. E' per questo che per tagliare i costi dell'energia sarebbe meglio spegnere le luci e il monitor (che consuma più della CPU) o abbassare il riscaldamento.

E per quanto riguarda la sicurezza?

Abbiamo lavorato duramente per mentenere il più alto grado di sicurezza possibile usando le moderne metodologie. Il nostro software carica e scarica dati solo dai nostri server a Stanford. Inoltre l'interazione avviene solamente con i file di FAH all'interno del tuo computer (non vengono letti, scritti o trasmessi altri file, dal momento che non ne abbiamo bisogno e che se lo facessimo violeremmo le nostre regole sulla privacy). Gli applicativi sono targati ditalmente (vedi sotto) per essere sicuri che tu utilizzi le applicazioni genuine di Stanford e niente altro.

Come è possibile? Noi adottiamo delle appropriate misure per verificare che tutti i dati inviati al tuo computer e tutti quelli che vengono inviati ai server di Stanford siano siglati con firme digitali a 2048 bit. Se la firma digitale non corrisponde (sia in ingresso che in uscita) il client cancella i dati e ricomincia. Questo assicura, dato che usiamo i più recenti software per la sicurezza del software, che abbiamo un grado di sicurezza il più elevato possibile. Inoltre i vari client grafici si possono scaricare solo dal nostro sito (o in certi casi da quelli di parner commerciali quali Sony, NVIDIA, e ATI), così da garantire l'integrità del software. Noi non supportiamo il software Folding@home se ottenuto in qualche altro modo e proibiamo agli altri di distribuirlo.

Perché non ci sono dei client anche per IRIX, Solaris, OS-2, AMIGA, Commodore, Macintosh OS9, iPhone, Smart Phone, ARM chip, XBox, Wii, ecc.?

Siamo stati inondati da richieste di versioni del client per altri sistemi operativi. Però, a causa delle risorse limitate, possiamo supportare solo poche versioni del client. Noi cerchiamo di scegliere quei sistemi operativi e quell'hardware che sono comuni tra gli utenti, che possiamo supportare da noi, e che funzionano bene con le nostre applicazioni scientifiche. Il supporto a BSD avviene attraverso l'emulazione di Linux (vedere sopra).

Cosa aggiungerete nelle prossime versioni del software?

Un ottimo posto per avere informazioni sulle nuove versioni, le versioni beta, ecc... è il blog di Vijay's, i.e. la pagina delle News del progetto, e il Forum di supporto di Folding.

Screen saver (Windows: versione 4 e precedenti; OSX: tutte le versioni)

Cosa dovrei utilizzare? La versione grafica, quella Screen Saver, o quella a linea di comando (console)?

Il client grafico (GUI) mostra le stesse informazioni di quello Screen Saver, solo che lo fa nella stessa finestra dell'applicazione. E' preferibile usare il client grafico se:

    * vuoi far girare Folding@home continuamente
    * non desideri avere uno screen saver
    * ti piace vedere nel profondo cosa sta avvenendo

E' invece preferibile usare la versione "solo screen saver" se:

    * non vuoi far girare Folding@home continuamente ma solo quando non usi il computer

Usa infine la versione a linea di comando (console) se preferisci poter configurare il client in modalità esperta, preferisci una interfaccia di base oppure devi far girare il client come servizio.

Se non sei ancora sicuro, provali tutti!

Cosa mostra il client grafico?

saver2Il nostro client grafico mostra una visualizzazione in tempo reale della simulazione che viene elaborata. La molecola che viene tracciata rappresenta la corrente configurazione ("fold") della proteina che viene simulata sul tuo computer, mentre il grafico in basso mostra l'energia potenziale con incrementi dell'ordine dei femtosecondi. La proteina può essere visualizzata in molti modi, stili e orientazioni per permettere di vederla meglio ma anche per un puro gusto estetico. Il fatto che la visualizzazione della proteina scorra non ha una motivazione biologica; è solo un modo non pesante per la CPU ma visualmente appagante per mostrarla.

Ci sono attualmente due modalità di visualizzazione: "Space-filling" e "ball-and-stick". In modalità "ball-and-stick" (palle e bastoncini) le piccole sfere rappresentano gli atomi mentre i bastoncini rappresentano i legami tra gli atomi. Nel modello "space-filling" (a riempimento), ogni sfera piena rappresenta il volume approssimativo che gli elettroni occupano attorno agli atomi. In entrambe le modalità gli atomi di carbonio vengono rappresentati colorati di grigio scuro , gli atomi di idrogeno di grigio chiaro (sebbene alcuni atomi di idrogeno non vengono colorati affatto), l'ossigeno di rosso, gli atomi di sodio di blu e quelli di zolfo di giallo.

Il grafico a torta mostra la percentuale complessiva di lavoro eseguito e la percentuale del frame corrente, rispettivamente.

Il mio monitor è impostato per spegnersi dopo un po' di tempo.

Posso comunque usare il client con screen saver? Le funzionalità di risparmio energetico, quelle che spengono il monitor dopo un determinato periodo di tempo, non influenzano lo screen saver. Fino a che il computer resta acceso, lo screen saver continua a girare e ad accumulare dati utili, anche se il monitor è spento.

Lo screen saver utilizza molto del tempo CPU?

Lo screen saver è progettato per utilizzare veramente poco tempo CPU. Anche senza alcun hardware OpenGL, lo screen saver utilizza al massimo il 5% del tempo CPU per la grafica. Se poi hai una scheda grafica con supporto per OpenGL, allora il tempo CPU diventa praticamente nullo. Dato che in modalità "Space-filling" si può vedere gli atomi mentre vengono disegnati, può sembrare che questo consumi molto tempo CPU; in realtà il ritardo nella visualizzazione è impostato con un timer e non dovuto a un eccessivo carico di lavoro per il disegno.

Con altro hardware 3D la versione con screen saver andrebbe più veloce?

Le schede di accelerazione 3D fanno una piccola differenza sulle proteine complesse. Comunque anche se l'acceleratore non aiuta direttamente l'elaborazione della protina, scarica la CPU dal lavoro grafico e in questo modo può elaborare più velocemente.

Come chiudo lo screen saver?

Lo screen saver è progettato per chiudersi ad un click del mouse o in seguito a una pressione di un tasto qualsiasi. Non si chiude semplicemente muovendo il mouse. Questo è stato voluto per prevenire la chiusura indesiderata di Folding@home, dato che ci vuole sempre un po' di tempo per far ripartire l'elaborazione.

Per maggiori informazioni andare su:



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