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Scritto da Paolo Bassi
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sabato 05 luglio 2008 |
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AMBITO: Biologia
STATO: ATTIVO
ATTACH: http://www.gpugrid.net/
Introduzione
Lo scopo del progetto, creato e coordinato tra gli altri dagli italianissimi ricercatori Gianni De Fabritiis e Giovanni Giupponi, attivi presso i centri di ricerca dell'università Pompeu Fabra di Barcellona, è di mettere a disposizione dei ricercatori un potente mezzo per effettuare simulazioni di dinamica molecolare (MD); un metodo che permette, ad esempio, lo studio delle dinamiche delle proteine nel loro ambiente. E' usato nelle accademie e dalle industrie farmaceutiche per un gran numero di applicazioni, incluso lo sviluppo di nuovi farmaci, per il test dei farmaci ed in genere per studiare la funzione delle proteine.
Questa ricerca è attualmente possibile grazie allo sfruttamento dei processori grafici nVidia di ultima generazione per le quali è stato sviluppato il software chiamato ACEMD.
Il software si basa sulla tecnologia CUDA sviluppata dalla stessa nVidia. Questa tecnologia è in continuo miglioramento così come il client sviluppato dai responsabili del progetto.
Articoli ed approfondimenti
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L'elaborazione GPU approda su BOINC con GPUGrid
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SISTEMI OPERATIVI
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ELABORAZIONE
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| DeadLine = 4 giorni | | RAM = 40 MByte | | Durata = 5 - 36 ore (su un Q6600) |
NEWS
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31/08/2010
E' in distribuzione un batch di 500 WU, riconoscibili dal nome che contiene i caratteri TRYP, che durano mediamente il doppio di quelle normali. Ogni WU riesce a simulare ben 10 nanosecondi di un sistema molecolare... | 03/07/2010
Grazie all'aggiornamento della nuova applicazione alla versione 3.1 di CUDA, è stato risolto il problema che impediva alle Nvidia GTX260 di elaborare correttamente le WU. Tuttavia, è necessario aggiornare i driver ad... | 30/06/2010
Nei prossimi giorni l'applicazione per Fermi verrà aggiornata alla versione 3.1 di CUDA. Sarà quindi necessario aggiornare anche i driver alle versioni 257.21 per Windows e 256.35 per Linux (o successive). Per le altre... | 17/06/2010
Un articolo di K. Sadiq e G. De Fabritiis - "Explicit solvent dynamics and energetics of HIV-1 protease flap-opening and closing" - è in fase di pubblicazione sulla rivista Proteins.
Questo lavoro mostra ,... | 08/06/2010
Nello sforzo di fornire sempre migliori spiegazioni su cosa sia la Dinamica Molecolare ai "non iniziati", alcuni scienziati (la metà dei quali appartenenti a GPUGrid) hanno realizzato un breve video.
Eccolo:... |
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Ultimo aggiornamento ( mercoledì 14 aprile 2010 )
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