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ARGOMENTO:

Problema wu in errore su Rosetta@Home 27/03/2020 23:17 #133063

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Apro un thread in modo da riunire un po' le cose...

Su un pc con linux, ho parecchie wu che vanno in errore. Quasi tutte sono a 32bit.
Ho già impostato <no_alt_platform>1</no_alt_platform> ma continuo a ricevere le versioni a 32bit.

Molte sono le "famose" robetta_cstwt_5.0 che dopo 5 ore di elaborazione restituiscono questo errore:
WARNING! cannot get file size for default.out.gz: could not open file.
Una possibile soluzione è stata proposta da @Nubman: usare uno script che le abortisce, evitando così di sprecare corrente e risorse.

Altro problema riscontrato è:
SIGSEGV: segmentation violation
Questa volta sulle rosetta-mini, sia a 32bit che a 64bit

EDIT: errore di "lettura" di htop

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Ultima Modifica: da corla99.

Problema wu in errore su Rosetta@Home 28/03/2020 08:03 #133070

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io ci ho levato mano. ho una platea di pc estremamente eterogenei ma tutti con linux. Avere un host che elabora per piu di 6 - 8h senza che richieda un reset brutale di quelli fatti staccando la spina non ne ho. Mi spiace di non poter essere d'aiuto, ne alla comunità e nemmeno a te




MaSsImA pOtEnZa!!!


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Problema wu in errore su Rosetta@Home 28/03/2020 10:44 #133073

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La prima cosa che mi verrebbe da controllare è l'hardware: con me rosetta@home è sempre stato poco tollerante all'overclock e al downvolt.

Sul forum ci sono parecchie persone che lamentano problemi vari.
Consigliano di controllare di avere abbastanza spazio su disco e provare a ridurre il numero di WU in contemporanea.

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Problema wu in errore su Rosetta@Home 28/03/2020 10:50 #133074

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La prima cosa che mi verrebbe da controllare è l'hardware: con me rosetta@home è sempre stato poco tollerante all'overclock e al downvolt..


L'hardware è doc. sistemi che hanno retto e possono reggere mesi h24 su wcg o tngrid o altre applicazioni con cpu al 100% senza pietà e senza sosta. Penso che sia proprio il progetto Rosetta




MaSsImA pOtEnZa!!!


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Problema wu in errore su Rosetta@Home 28/03/2020 14:09 #133080

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@robix73
Anche a me funzionavano tutti gli altri progetti. Ma per far funzionare rosetta@home ho dovuto rinunciare a un po' di downvolt.
Se non ricordo male, rosetta@home è uno dei pochi progetti per cpu che usa anche la FPU, quindi può dare problemi che altri non danno.

Comunque: avete verificato che boinc abbia abbastanza spazio su disco?
Avete verificato che ogni thread abbia 2Gb di ram a disposizione?

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Problema wu in errore su Rosetta@Home 28/03/2020 14:15 #133082

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Al momento nessun pc è stato sottoposto ad overclock. Anzi, hanno le frequenze (libere) ma con il turbo disattivato.
Il downvolt non credo proprio sia influente, poiché ha retto senza nessun problema sia TN-Grid che PrimeGrid sotto linux. Quando era con windows anche molti altri progetti, fra cui rosetta.

La cosa strana è che con 8wu (di cui 1 mini) mi occupa 10GB di memoria attiva e 15,3GB contando anche la cache.
Aggiunti ~250MB per F@H, ho l'1% di memoria libera (15,7GB totali)

Mentre sul doppio xeon con 72 wu (2 mini) ho 56GB utilizzati e 39,5GB in cache. Portando ad un totale di 95,5GB su 126GB.

Come è possibile una disparità così marcata nell'utilizzo della ram?
Ma sopratutto, perchè continuo a ricevere applicazioni a 32bit? Ho già riavviato il pc ma nulla, continuano ad arrivare e molte ad andare in errore dopo un po' di tempo che elaborano

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Problema wu in errore su Rosetta@Home 28/03/2020 15:03 #133089

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Per la differenza di uso della ram, l'unica cosa che mi viene in mente è la diversa versione di ubuntu. Hai riscontrato differenze simili anche su altri progetti?

Anche a me arrivano perloppiù WU a 32bit.

Il fatto che vadano in errore molte ma non tutte rende più difficile isolare il problema.
Prima di chiedere aiuto nel forum del progetto, fossi in te riporterei la cpu ai voltaggi di fabbrica.

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Problema wu in errore su Rosetta@Home 28/03/2020 15:20 #133091

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Sparo al volo senza una analisi , ma butto la mosca :

Ubuntu aveva rimosso il supporto alle libreire 32bit (per poi ripristinarlo , ma non pe tutte le librerie)
Non è che con la rimozione del supporto a 32bit di certe librerie , le app di rosetta non sono aggiornate e magari non trovano la libreria quando viene richiesta ?
Essendo una applicazione statica non è nemmeno possibile eseguire un "ldd" per vedere le librerie necessarie .

Sarebbe da confrontare il funzionamento con versioni di ubuntu vecchie (LTS 18.04 ? e/o 16.04) con quella attuale

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Problema wu in errore su Rosetta@Home 28/03/2020 16:22 #133097

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@saba

Io, a parte le wu cstwt_5.0, non ho alcun problema né su 14.04.6 né su 18.04.4. :asd:
COVID-19

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Problema wu in errore su Rosetta@Home 28/03/2020 16:24 #133098

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@xdarma, non ho mai prestato attenzione a quanta ram usavo. Visto che è sempre bastata (abbondantemente).
Per quanto riguarda il voltaggio, posso riportarlo a quello di default senza problemi. Ma il problema principale rimane la cannibalizzazione della ram.

Dopo aver fatto partire lo script di @nub (che ha abortito una decina di wu) il tasso di wu in errore è diminuito di molto. Infatti le cstwt quando andavano in errore continuavano a rimanere in memoria, causando una saturazione della ram ed un uso massiccio della swap

@saba, quello che mi lascia perplesso è il fatto che non tutte quelle a 32bit vanno in errore. Molte mi danno l'errore scritto nel primo post, ma le altre non dicono nulla.
Escono con questo codice di errore: 139 (0x0000008B) Unknown error code
Attenzione: Spoiler!


La maggior parte di quelle finite in errore erano le cstwt che morivano dopo 5 ore di elaborazione, quindi il problema è un minimo arginato.
Per contestualizzare, i due pc hanno queste "specifiche":
xeon - 72wu / 126GB totali / Ubuntu 19.10 / 150GB di disco dedicato
ryzen - 8 wu / 15,7GB totali / Ubuntu 18.04.4 LTS / 400GB di disco dedicato

Nei prossimi giorni aggiungerò temporaneamente altri 16GB di ram sul 3900X (togliendoli dall'i7) e farò un po' di prove sotto windows.
Dite che i banchi di ram rientrano fra le cose acquistabili su amazon? A sto punto, finché ci sono prezzi normali aumento la ram ai pc...

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Problema wu in errore su Rosetta@Home 28/03/2020 16:51 #133101

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@saba, quello che mi lascia perplesso è il fatto che non tutte quelle a 32bit vanno in errore. Molte mi danno l'errore scritto nel primo post, ma le altre non dicono nulla.
Escono con questo codice di errore: 139 (0x0000008B) Unknown error code
Attenzione: Spoiler!


Problema alla cpu/ram?

SIGSEGV - 11 - Core
The SIGSEGV signal is generally sent to a process by the kernel when the process is misbehaving, it is used when there is an “Invalid memory reference” and you may commonly see a message such as segmentation fault in log files or via strace. You can also technically call this signal with kill as well; however it is mainly useful for creating core dump files, which can also be performed by using the SIGQUIT signal.


bencane.com/2014/04/...and-how-to-terminate-processes-in-linux/

COVID-19

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Problema wu in errore su Rosetta@Home 28/03/2020 17:51 #133102

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Mi vien da pensare a dei processi che finiscono sulla swap (hdd meccanico), ma da ieri sera non credo sia utilizzata

La ram sta anche andando ad una frequenza minore di quella che dovrebbe, 3000MHz anziché 3200MHz.
Non dovrebbe avere errori poiché qualche mese fa ha passato 3 cicli di memtest86+ senza problemi.

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Problema wu in errore su Rosetta@Home 28/03/2020 18:23 #133103

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@robix73
Anche a me funzionavano tutti gli altri progetti. Ma per far funzionare rosetta@home ho dovuto rinunciare a un po' di downvolt.
Se non ricordo male, rosetta@home è uno dei pochi progetti per cpu che usa anche la FPU, quindi può dare problemi che altri non danno.

Comunque: avete verificato che boinc abbia abbastanza spazio su disco?
Avete verificato che ogni thread abbia 2Gb di ram a disposizione?


Ciao i crici hannospazio su disco asufficienza (rosetta si prende anche 50gb) ma al max hanno 32gb di ram. Molti crici hanno (quelli piccoli) 32 threads e si arriva sino agli 80. Quindi per i piccoli 32 threads ci vorrebbero 64gbdi ram. Ler gli 80 threads 160fbdi ram. No non ci siamo. Almax hanno e2 gbdi ram. Andare a portare tutti i crici a 64 gb ho fatto due calcoli vorrebbero circa 3.tb di ram. E cmq nn basterebbero. I 48 threads vorrebbero 100 gbdi ram. I 72 threads140 gb di ram. A spanne ci servirebbero 4tb di ram. Impraticabile. E nemmeno verifico il costo. Penso almemo 10k eu.... Mah..




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Problema wu in errore su Rosetta@Home 28/03/2020 19:05 #133104

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Se non hai abbastanza ram, puoi sempre diminuire le risorse a disposizione di boinc e avere meno WU in elaborazione contemporaneamente.
Magari non sarà sufficiente ma è meglio di niente.

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Problema wu in errore su Rosetta@Home 28/03/2020 19:28 #133105

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Ho ordinato altri 16GB di ram, vediamo se così si risolve il problema...
Comunque la cancelleria è praticamente sparita da amazon, finiti i fogli che mi rimangono dovrò passare ai quaderni. Almeno penne, evidenziatori e matite si trovano ancora

@robix, da quanto ho visto raramente superano 1,5GB di ram per wu. Tendenzialmente stanno sul 1,3.
Sono quelle da 1h...che durano 2 ore. Mentre le mini-rosetta non superano i 500MB l'una.
Sul 72 thread stanno girando 72 wu e sto sotto i 100GB

Volendo si fa un semplice app_config per far girare un buon numero di rosetta classiche ed il resto mini-rosetta. Usando il parametro max_concurrent

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Problema wu in errore su Rosetta@Home 29/03/2020 08:52 #133106

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Scusate gli strafalcioni del mio precedente post, scrivevo da smartphone e per ben visualizzare il sito usavo la modalita desktop per la quale tutto appare microscopico.
Comunque si, il problema è la ram. peccato che per avere ~ 1000 threads al lavoro si debbano usare crici che complessivamente ne hanno il doppio.
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Problema wu in errore su Rosetta@Home 29/03/2020 12:45 #133107

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Sta mattina ho fatto un giro sul forum di rosetta ed ho scoperto un po' di cose...

@robix, un altro utente lamentava il fatto che una sua macchina linux si bloccava almeno una volta al giorno. La causa non è ancora stata trovata, ma consigliano di tenere d'occhio ram e spazio su disco
Thread

Per quanto riguarda le wu più...voraci di ram del solito, sono quelle relative al coronavirus. Thread

These are likely jobs that are modeling the Spike complex (new.robetta.org/results.php?id=15652) of 2019-nCoV_S, the corona virus. The genome has been sequenced and there is a mad rush to determine structures for possible drug targets.

We are collaborating with a number of different research groups to model corona virus proteins that may be possible drug targets, including the NIH/NAIAD and SSGCID www.ssgcid.org/.


Ricapitolando: le "nuove" wu relative al coronavirus usano un quantitativo di ram superiore a quello solito. Se fatte girare wu da 8h, potrebbero arrivare ad un picco di 3,5GB per wu.
Consigliano di dedicare almeno 2GB di spazio su disco per ogni wu in esecuzione.
Un giro di memtest86+ (di default con molte distro linux) è consigliato. Anche quello integrato in windows dovrebbe andare bene
Lo sweet-spot è quello di avere wu da 2 ore, che richiedono massimo 2GB di ram per wu (in alcuni, rari, casi potrebbero richiederne poco più)

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Problema wu in errore su Rosetta@Home 29/03/2020 12:54 #133108

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Scusate gli strafalcioni del mio precedente post, scrivevo da smartphone e per ben visualizzare il sito usavo la modalita desktop per la quale tutto appare microscopico.
Comunque si, il problema è la ram. peccato che per avere ~ 1000 threads al lavoro si debbano usare crici che complessivamente ne hanno il doppio.
Quanta potenza viene sprecata inutilmente...

Limita la durata delle wu a meno di 4 ore e prova questo app_config.xml.
<app_config>
	<app>
		<name>rosetta</name>
		<max_concurrent>10</max_concurrent>	
	</app>
</app_config>

Sui restanti threads deve girare minirosetta, quindi ti serve una coda lunga per avere abbastanza wu.

Oppure affianca un progetto che usa meno ram, tipo TN-Grid.
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Problema wu in errore su Rosetta@Home 29/03/2020 12:57 #133110

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o abbassa il numero dei threads :D

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Problema wu in errore su Rosetta@Home 29/03/2020 18:40 #133121

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o abbassa il numero dei threads :D


Abbassa il numero dei threads ma non a caso, cerca di perdere il meno possibile restando sull'operatività delle macchine.

A conti fatti, mi saprai dire dove ti conviene farlo e quanti thread non utilizzi..

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