I “Contatti Previsti” e la “Mappa Contatti”
E’ ora di introdurre la nostra nuova “Mappa Contatti” ridisegnata: abbiamo completamente riscritto la “Mappa” in maniera tale da meglio affrontare gli obbiettivi di modellazione guidata delle strutture “bersaglio” durante la competizione CASP. Andremo ad incorporare questi obbiettivi come puzzle “Contatti Previsti” in Foldit.
La nostra “Mappa Contatti” originale era stata progettata per i puzzle di "Esplorazione" ereditati e doveva essere migliorata grandemente.
Con questa problematica in mente, abbiamo ricreato la “Mappa Contatti” per affrontare in modo specifico le previsioni di contatto che vedremo al CASP: dovrebbe scalare meglio con proteine più grandi (gli utenti veterani possono ricordare alcuni puzzle in cui la vecchia mappa richiedeva la maggior parte dello schermo). Questo dovrebbe consentire alla “Mappa Contatti” di gestire qualsiasi proteina che può essere gestita da Foldit.
La nuova Mappa dovrebbe essere più chiara e facile da usare e, inoltre, dovrebbe fornire alcune nuove funzionalità che potrebbero esserci utili durante il CASP!
Predicted Contacts - Contatti Previsti
Primo – cos’è un “Contatto Previsto”? Un contatto previsto è una previsione in cui due residui di una proteina saranno vicini, o “in contatto”: di solito non si toccano (quello sarebbe uno scontro), ma sono abbastanza vicini. Ogni contatto ha un "peso" associato, che è una misura della probabilità che i residui coinvolti, nella realtà, costituiscano un contatto nella proteina nativa: maggiore è il peso, maggiore è la probabilità. Bisogna tener conto, però, che alcuni contatti possono essere errati, quindi è necessario stabilire quali contatti devono essere ricercati.
In Foldit, proveremo diversi approcci per premiare i giocatori quando corrisponderanno i contatti previsti. Fino ad ora, abbiamo riutilizzato il sistema “Esplora Puzzle”, che porta a molta confusione. Non più! - La mappa contatti è ora impostata per essere indipendente dal metodo di punteggio utilizzato per premiare i contatti corrispondenti.
Questo ci dà la possibilità di eseguire i “Puzzle di Contatto” in tre maniere diverse:
* Puramente come guida visiva, senza ricompensa per i contatti che corrispondono.
* In combinazione con un filtro che darà la possibilità di un piccolo bonus per i contatti che corrispondono.
* In combinazione con i “Puzzle Vincoli”, che andranno a penalizzare il punteggio delle strutture che mancano di contatti con alta probabilità (di esistere).
I contatti predetti sono un grande “dominio” in cui i giocatori hanno il potere di riuscire là dove i computer sono falliti e abbiamo progettato la mappa contatti per cercare di darvi la miglior possibilità!
Questa è una piccola guida visuale alla “Mappa Contatti”:
The Contact Map
1. Questo mostra i residui coinvolti nel contatto su cui si sta attualmente muovendo il mouse.
2. Questo mostra il “peso” del contatto su cui si sta attualmente muovendo il mouse.
3. Questi puntini neri mostrano i contatti che il vostro modello attuale ha.
4. Questo bottone cancellerà le celle selezionate.
5. Questo bottone aggiungerà una “banda” per ogni cella selezionata. La banda sarà tra i due residui coinvolti e avrà la lunghezza e la forza predefinite: In futuro, intendiamo impostare la forza e la lunghezza in base alla previsione dei contatti.
6. La diagonale rappresenta la dorsale proteica. Il colore della diagonale indica la struttura secondaria per quella sezione di dorsale. In questo caso è rossa, che corrisponde ad un foglietto.
7. Un colore “vuoto” sulla diagonale corrisponde ad un loop/congiunzione.
8. Il blu nella diagonale corrisponde ad una elica.
9. Le celle verdi sono i contatti previsiti. Un verde più brillante significa un peso maggiore ed un contatto più favorevole.
10. Le regioni evidenziate sono le celle selezionate. Quando si seleziona una cella, si vedrà una banda verde o rossa sulla proteina modello, con il colore ad indicare se si è più o meno soddisfatto il contatto previsto: si può selezionare una cella semplicemente cliccandoci sopra con il tasto sinistro.
11. Cliccando e trascinando questa barra, si può ridimensionare la mappa.
12. La mappa evidenzierà il contatto che stai attualmente spostando con una barra verticale e una orizzontale. Inoltre, vedrete una fascia gialla sul modello della proteina stessa, che collega i due residui coinvolti in questo contatto.
La mappa contatti consente inoltre di zoomare con la rotellina del mouse. Mentre si ingrandisce, è anche possibile sfogliare la mappa facendo clic destro sulla mappa e trascinandolo.