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Ho il piacere di introdurre un nuovo tool che sta arrivando su Foldit: lo strumento “Idealizza”.


Che cosa fa questo strumento? Nelle proteine ci sono alcuni gradi di libertà che possono cambiare (come l’angolo della catena laterale che esce dalla dorsale) e altri che non dovrebbero (come la distanza tra due residui). Qui si possono vedere alcuni esempi di gradi di libertà che non dovrebbero cambiare:



Si può vedere che in questa immagine sono riportati valori molto specifici che descrivono determinati angoli e distanze tra gli atomi. Questi valori sono chiamati valori “ideali” e nelle proteine reali i loro valori non cambiano di molto.
In Foldit, talvolta, questi valori tendono a “scappare” dai loro valori ideali, e come risultato si vedrà un punteggio basso di dorsale su un frammento o due. Questi problemi sono veramente difficili da risolvere. Il modo più facile in cui si introduce il problema è con i tagli – se viene fatto un taglio e viene chiuso con un angolo strano, spesso sarà difficile risolvere il problema.
A questo punto abbiamo creato lo strumento “Idealizza”: questo tool permette semplicemente di impostare tutti questi gradi di libertà ai loro valori ideali per la porzione di dorsale interessata. Lo strumento lavora nell’interfaccia “modalità classica” attraverso il menù con il tasto destro e si aprirà nell’interfaccia di selezione quando saranno selezionati alcuni residui. E’ anche accessibile dall’interfaccia di script con il comando IdealizeSelected().
Ecco un esempio di dove questo strumento può essere usato, osservando la dorsale qui sotto:



Si potrebbe o no essere in grado di dirlo, ma ci sono problemi con questa dorsale: si può vedere qui sotto come *dovrebbe* essere la dorsale:



Si può notare che la porzione blu dovrebbe avere un bell’angolo di circa 120 gradi: nella dorsale di sopra, invece, è vicino ai 180 gradi. Questo comporterà un punteggio veramente basso della dorsale in Foldit ed è qualcosa che vorremmo risolvere. Con lo strumento “idealizza” si può fare! Nell’interfaccia classica, facciamo clic con il tasto destro sulla dorsale dove esiste il problema e selezioniamo “Idealizza”.



Questo porterà i gradi di libertà problematici ai loro valori ideali e renderà la spina dorsale come la seconda immagine, ovvero corretta. Si tenga presente che, mentre questo strumento modifica solo i valori nella regione in cui si sta lavorando, le modifiche causano il movimento di un intero lato della proteina in una nuova posizione.




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