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Rosetta@home, progetto da sempre dedicato alla previsione della struttura tridimensionale delle proteine, si è inoltrato da qualche tempo anche nel campo della previsione delle interazioni tra proteine.
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Questo studio è più complesso e richiede una maggiore potenza di calcolo, ma ha anche una grande importanza nell'ambito della biomedicina. Infatti molte proteine devono interagire con altre proteine per poter funzionare correttamente e diversi farmaci sono proteine che vanno ad agire su altre proteine bersaglio.
In questi giorni Sarel, scienziato e sviluppatore di Rosetta@home, ha scritto un post sul forum del progetto aggiornando i partecipanti su alcune interessanti novità.
 
Qui di seguito il post originale tradotto.


“Ciao,

Dall'ultima volta che ho scritto (molto tempo fa) abbiamo fatto notevoli progressi nella progettazione di interazioni proteiche. Abbiamo sviluppato una nuova metodologia e l’abbiamo testata ampiamente ricapitolando interazioni proteiche note e progettando nuove interazioni. In tutti i nostri test i risultati sono stati molto incoraggianti e, soprattutto, ora abbiamo una serie di strutture che mostrano un legame specifico verso i loro target negli esperimenti!

Siamo ovviamente molto entusiasti circa le potenziali applicazioni di questa metodologia per la progettazione di inibitori e ligandi di target farmaceutici e di altre proteine biologicamente e clinicamente interessanti.
Il target che ci ha maggiormente entusiasmati è la proteina  emoagglutinina da ceppi di influenza pandemica, incluse l’influenza suina e la spagnola. Questa proteina è un ottimo candidato farmaceutico e la sua struttura con un anticorpo che neutralizza questi ceppi di influenza è stata risolta.
Stiamo usando la nostra nuova metodologia per calcolare ligandi dell’emoagglutinina che possano essere più facilmente prodotti su larga scala di quanto non lo siano gli anticorpi. Come era prevedibile, la complessità della progettazione di un ligando contro l’emoagglutinina è superiore a quella incontrata con altre proteine studiate precedentemente  e richiede quindi sostanzialmente maggiori risorse computazionali.
Speriamo che con il vostro contributo a Rosetta@home si possano ottenere molti inibitori putativi per le prove sperimentali.

Abbiamo anche altri obiettivi per il futuro di cui siamo molto entusiasti. Le simulazioni di progettazione che distribuiremo conterranno una descrizione della proteina bersaglio; così, per esempio, le simulazioni relative all’emoagglutinina saranno classificate come "progettazione di un inibitore dell’emoagglutinina dell’influenza".
Aggiorneremo anche questo thread con le descrizioni di altri target e dei risultati delle simulazioni e della caratterizzazione sperimentale. Siamo entusiasti di vedere quante nuove soluzioni a questo problema riusciremo ad ottenere!”

 



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