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EED_20120129La seconda interazione coinvolge le proteine chiamate EED ed Ezh2. Pensando al DNA come una scala a pioli, ogni cellula contiene nel nucleo una scala con circa 6 miliardi di pioli. Al fine di evitare che il DNA si aggrovigli su se stesso in modo irreversibile, questo viene stoccato, se non in uso, in piccole bobine dette istoni, creando una specie di immenso archivio video.

Ci sono parti di DNA che non dovranno mai essere usate e quindi, per evitare di fare confusione vengono marcate con una specie di etichetta dal significato “non usare questa sezione di DNA”. L’EED è una proteina che attribuisce queste etichette usando allo scopo l’enzima Ezh2. L’EED assicura che l’Ezh2 marchi gli istoni voluti e non gli istoni che trasportano i pezzi di DNA di cui ha bisogno la cellula.

Molte cellule tumorali riducono la produzione di EED e di Ezh2 per evitare che le parti di DNA di loro interesse vengano segnate come non utilizzabili. Altre cellule cancerogene invece provocano l’aumento della quantità di EED e di Ezh2 al fine di marcare tutto il DNA e impedire alla cellula di usarne le parti necessarie per la sua difesa. Gli studiosi stanno lavorando alacremente per capire come l’EED, l’Ezh2 e proteine simili lavorino all’interno di una cellula sana e cosa va storto in una cellula malata.

Alcuni si sono interessati alla sintetizzazione di un farmaco che impedisca all’enzima Ezh2 di legarsi alla proteina EED. Questo prevede la sintesi di un principio in grado di legarsi più strettamente con l’EED di quanto non faccia l’Ezh2; nonostante il legame tra EED ed Ezh2 sia debole, al momento non esiste un farmaco in grado di comportarsi come voluto.

Si sta utilizzando Rosetta@home per definire proteine simili all’Ezh2 con lo scopo di bloccare l’aggancio dell’originale. Per avere un’ordine di grandezza della potenza di calcolo necessaria per questo progetto basti sapere che eseguendo quasi 2 milioni di elaborazioni, un computer esegue circa un miliardo di volte i passaggi previsti dal calcolo e restituisce solo 54 prototipi, di cui solo 14 sono stati presi in considerazione come realmente possibili. Il tempo di elaborazione è stato di circa un mese su Rosetta@home. Dagli esperimenti iniziali su 8 di queste configurazioni ne è stata trovata una che si lega tre volte meglio dell’Ezh2 all’EED.

Ora si punta ad ottimizzare questa struttura per arrivare a creare un campione da testare su cellule vive. Nonostante questo c’è però ancora tantissimo lavoro da fare per permettere che i test vadano a buon fine ed è grazie alla comunità di Rosetta@home se è possibile andare avanti in questa prospettiva.


Inviato: 18/02/2012 20:33 da Gattorantolo #76586
Avatar di Gattorantolo
Hai ragione, secondo me insieme a WCG e a CPUGrid (al quale non posso purtroppo agganciarmi perché ho un Mac... :sob:) sono i progetti più sensati. Viva Rosetta!
Inviato: 18/02/2012 19:04 da kidkidkid3 #76580
Avatar di kidkidkid3
Niente da dire sulle finalità del progetto Rosetta (sono in procinto di raggiungere i 500k di crediti dopo circa 14 mesi di elaborazioni di WU che utilizzano solo la CPU), ma devo criticare invece la scarsa comunicazione in caso di problemi sui loro server.
Ho trovato molto più efficace e trasparente, invece, il forum di GPUGRID, per velocità di risposta e risoluzione dei problemi, anche se siamo davvero in poche decine di persone di BOINCITALY (utenti attivi) a contribuire a questa ricerca.
Inviato: 17/02/2012 22:08 da Tiziano #76504
Avatar di Tiziano
complimenti!!!
visto che rosetta combatte il cancro mi metto ad elaborare anchio :)
Inviato: 04/02/2012 12:49 da Gattorantolo #75710
Avatar di Gattorantolo
Una motivazione in più per andare avanti!
Inviato: 04/02/2012 09:20 da erotavlas #75704
Avatar di erotavlas
Complimenti per l'articolo e speriamo che Rosetta aiuti a risolvere questi problemi!
Inviato: 30/01/2012 22:51 da boboviz #75529
Avatar di boboviz
akd ha scritto:

Anch'io apprezzo sempre quelli di rosetta non solo per il lavoro e la comunicazione comprensibile, ma anche e soprattutto perchè ti spiegano cosa stai calcolando...


Quelli di Rosetta sono dei grandi.
Mica come il progetto di cui sono referente, i cui amministratori si sono dati alla macchia :doh:
Inviato: 30/01/2012 22:18 da akd #75519
Avatar di akd
Anch'io apprezzo sempre quelli di rosetta non solo per il lavoro e la comunicazione comprensibile, ma anche e soprattutto perchè ti spiegano cosa stai calcolando...
Inviato: 30/01/2012 19:40 da Venturini Dario #75499
Avatar di Venturini Dario
Ottimo articolo e davvero interessante. Ammiro davvero i ricercatori di Rosetta@home perchè danno sempre dimostrazione di saper parlare alla gente anche quando si tratta di argomenti di una certa complessità
Inviato: 30/01/2012 11:11 da morse #75453
Avatar di morse
Herr Fritz 27 ha scritto:

Si, stanno affrontando il problema da una prospettiva diversa dal solito, o per lo meno sembra a me, visto che sono difficili da trovare notizie sui possibili trattamenti in fase di ricerca. Per il momento si stanno concentrando più sul "come funziona" e non sul come "riparlo", però quando conosci il tuo nemico poi...

Grazie a chi ha sistemato l'immaginetta all'inizio!!! ;)



Ottimo lavoro, complimenti.

Per l'immagine direi che puoi ringraziare bax :asd:
Inviato: 30/01/2012 09:28 da Herr Fritz 27 #75450
Avatar di Herr Fritz 27
Si, stanno affrontando il problema da una prospettiva diversa dal solito, o per lo meno sembra a me, visto che sono difficili da trovare notizie sui possibili trattamenti in fase di ricerca. Per il momento si stanno concentrando più sul "come funziona" e non sul come "riparlo", però quando conosci il tuo nemico poi...

Grazie a chi ha sistemato l'immaginetta all'inizio!!! ;)
Inviato: 30/01/2012 04:14 da baxnimis #75447
Avatar di baxnimis
Assolutamente notevole !

Quelli di Rosetta sono decisamente attivi (e anche ottimisti), speriamo ottengano risultati tangibili ;)


Riguardo all'articolo: si legge in modo molto fluido dall'inizio alla fine, ottimo davvero!

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