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ps3grid_nanomicro
GPUGRID ha visto crescere incredibilmente la sua potenza di calcolo nel giro di pochi mesi.
Negli esperimenti di dinamica molecolare simulata le performance del sistema di calcolo si possono misurare in base al tempo simulato giornalmente: ebbene da agosto '08 a marzo '09 si è passati da 0,2 a 5 microsecondi al giorno (+2000%)
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La caratteristica principale di GPUGrid è, in termini di potenza computazionale, la forza bruta che gli è permessa dall'utilizzo di potenti processori grafici a livello dei singoli PC dei volontari aderenti al progetto. E' già stato spiegato nella pagina di approfondimento del progetto come la simulazione in dinamica molecolare dei processi biologici, che normalmente avvengono su scale temporali di micro-milli secondi, sia fortemente limitata dalla capacità computazionale anche degli attuali supercomputer, che purtroppo è dell'ordine dei nanosecondi.
 
Invece mediante l'utilizzo delle attuali GPU è ora possibile, ad esempio, studiare su un solo PC in un solo giorno ben 4 nanosecondi di vita simulata in dinamica molecolare di un sistema composto da 50.000 atomi. Sommando la potenza di tutte le macchine agganciate al progetto si è quindi ora in grado di simulare 4-5 microsecondi / giorno.
Se si riuscisse a superare il limite del milli-secondo allora le applicazioni biomediche della dinamica molecolare sarebbero illimitate.
ps3grid_nanomicro2
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Grafico: andamento mensile recente delle WU completate e del tempo/giorno simulato.
 
 
 
Esperimento attuale: SH2: i legami tra proteine giocano un ruolo importante nella loro crescita e sviluppo. I "domini proteici" sono sotto-unità delle proteine che gestiscono questi legami identificando le brevi sequenze di peptidi nei partner della proteina. L'SH2 è un particolare dominio proteico interessato nello sviluppo cancerogeno inteso come sviluppo abnorme e maligno delle cellule.
ps3grid_sh2
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Attualmente il progetto sta' distribuendo delle nuove WU del tipo SH2, evoluzione del precedente progetto, con l'intento di studiare il comportamento di diversi liganti.
    
 


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