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Il nuovo client di Rosetta, Rosetta Mini, si evolve e migliora sempre di più per effettuare simulazioni sempre più vicine alla realtà. Dalla prima versione (1.07) rilasciata a febbraio 2008, siamo giunti alla versione 1.40 dell'applicazione e le novità rispetto alle precedenti sono a dir poco emozionanti.

 

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Con la nuova versione del programma vengono infatti presi in considerazioni ioni metallici nel calcolo della struttura della proteina (visualizzabili come sferette nella grafica). Questo è un miglioramento importante perché la gran parte delle proteine assume la propria conformazione funzionale solo se è legata a particolari ioni.

Calcolare la struttura proteica tenendo conto anche di questi ioni rende quindi più veritiera la simulazione, avvicinandosi alle condizioni realmente presenti in natura.

La seconda novità riguarda la simulazione di interazioni tra proteine (anche queste ora visualizzabili nella grafica). Questo aspetto è ancora più importante perché nel nostro corpo e in quello di tutti gli altri esseri viventi (dai mammiferi, ai batteri fino ai virus) le proteine funzionano raramente da sole. La norma è che una proteina interagisca con una o molte altre proteine per formare strutture complesse o sistemi multiproteici. Anche considerando una proteina “singola”, questa andrà prima o poi ad interagire con un'altra proteina per svolgere la sua funzione. E' quindi non solo importante, ma fondamentale considerare le interazioni tra proteine se si vogliono in futuro applicare queste simulazioni a sistemi realmente esistenti.

A questo proposito si sta tenendo in questi giorni una competizione simile al CASP, ma che considera appunto le interazioni proteiche: il CAPRI (Critical Assessment of PRediction of Interactions). Vedrete quindi alcune Wus con la scritta CAPRI nel nome; saranno quelle riguardanti la competizione a cui Rosetta sta partecipando.

La terza novità è la più entusiasmante di tutte.

Con la versione 1.40 si iniziano a svolgere le prime simulazioni di protein design, cioè di progettazione di nuove proteine. Progettare proteine che si leghino a ciò che si vuole o che svolgano una certa attività a proprio piacimento è il sogno di molti medici e biologi, una vera e propria rivoluzione della medicina. Le potenzialità del protein design sono immense e praticarlo attraverso simulazioni al computer renderebbe la pratica estremamente più semplice e veloce.

La progettazione di proteine specifiche potrebbe portare in un futuro non troppo lontano alla cura mirata di molte malattie oggi difficili da trattare. Per fare un semplice esempio all'interno del gruppo del Prof. Baker si sta progettando una proteina che va a legare la tossina del colera e la simulazione di questa interazione è già all'opera sui nostri computer.

Tutto questo dimostra le potenzialità del nuovo client Rosetta Mini, che può essere facilmente arricchito di nuove funzioni interessanti ed importanti per la ricerca. Il progetto Rosetta@home si trova quindi in un momento davvero eccitante ricco di novità e di innovazioni che potrebbero rivelarsi rivoluzionare. Il progetto è arrivato fino a questo punto grazie al nostro contributo ed avrà sempre più bisogno del nostro supporto per portare avanti queste iniziative entusiasmanti.



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