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Il grafico di Ramachandran o mappa di Ramachandran (da qui in poi "Rama". NDR) è un modo per esaminare la struttura principale di ogni residuo in una proteina.
Questo metodo è stato usato per la prima volta da  G.N. Ramachandran et al. nel 1963 per descrivere le disposizioni stabili dei singoli residui di una proteina.
Oggi, il grafico di Rama è usato frequentemente dai cristallografi per identificare modelli di proteine con strutture irrealistiche.



Come alcuni di voi possono ricordare, ogni residuo di una proteina ha due legami rotanti, che sono chiamati φ e ψ. Se prendiamo una struttura proteica e misuriamo le rotazioni di questi legami (tra -180 e 180 gradi), possiamo tracciare ogni residuo rispetto al suo φ (asse x) e ψ (asse y). Il risultato è il grafico di Rama, in cui ogni punto nero è un residuo di una proteina:


Alcune rotazioni sono più stabili di altre: le aree bianche del grafico Rama sono instabili e un residuo in questo spazio avrà un cattivo punteggio strutturale;
le aree colorate, invece, sono più stabili e i residui avranno un punteggio migliore.
Le aree stabili del grafico Rama in Foldit sono divise in quattro regioni, chiamate regioni ABEGO, e sono colorate in questa maniera:
* Rossa: elica ad andamento destrorso (caratteristica di una α-elica)
* Blu: filamento destrorso (caratteristico del filamento β)
* Verde: elica ad andamento sinistrorso (poco comune, eccetto che per la glicina)
* Gialla: filamento sinistrorso (molto poco comune, eccetto che per la glicina)

Poiché i 20 diversi tipi di amminoacidi hanno proprietà diverse, ogni tipo di amminoacido ha un “profilo Rama” leggermente diverso. Per esempio, la maggior parte degli amminoacidi ha una catena laterale che si “scontra” con la dorsale principale nell’elica sinistrorsa, di modo che le mappe di questi residui hanno solo una debole area verde. Diversamente, la glicina non ha alcuna catena laterale e può facilmente adottare una conformazione a forma di elica a sinistra, quindi la sua mappa ha una grande, intensa zona verde.
Muovendo il mouse sopra un punto nella mappa di Rama per vedere il suo tipo e il numero di residui nell’angolo in alto a destra; cliccando su un punto è possibile vedere il profilo Rama specifico per il suo tipo di amminoacido (questo è anche il residuo nella “Selection Mode”). Cliccando e trascinando un punto, si cambiano le rotazioni ? e ? della struttura dorsale di un singolo residuo. La finestra di visualizzazione nella parte alta della mappa Rama si concentrerà sul residuo selezionato e, semplicemente, mostrerà la configurazione locale della dorsale proteica intorno al residuo. Ogni residuo nella visualizzazione è colorato secondo la regione ABEGO in cui si trova. Lo schema di colorazione ABEGO può essere applicato anche alla console principale di Foldit nelle opzioni di visualizzazione con Visualizza-> AbegoColor.

Le "Congiunzioni ideali"
Durante la progettazione di una proteina ci sono una serie di diverse dorsali che possono connettersi con le α-eliche e i foglietti-β. Tuttavia abbiamo riscontrato che determinati tipi di congiunzioni si verificano di frequente nelle proteine native e che queste “congiunzioni ideali” possono essere distinte dai modelli ABEGO. Per esempio, il modo più comune di connettere due filamenti β è una breve “forcina”

con due residui nella conformazione a spirale sinistrorsa (verde).


La mappa di Rama in Foldit include una galleria di congiunzioni ideali, collocata nel menù a tendina in alto a destra. Ogni menù mostra una manciata di questi congiunzioni, che possono essere usate per connettere alcune combinazioni di eliche alfa e filamenti beta; le congiunzioni sono fornite come riferimento ai giocatori di Foldit e li incoraggiamo a provare ad incorporare queste nelle strutture che stanno progettando. All’interno di ciascun menù, le congiunzioni più comuni sono elencate nella parte superiore, ma un congiunzione meno comune può essere “preferita” a seconda del layout preciso di eliche alfa e foglietti beta di un progetto.
La mappa Rama sarà disponibile per l’uso solo in puzzle selezionati: per accedervi basterà andare sul menù “Azioni” nell’interfaccia nativa o su “Selezione Interfaccia” nel menù principale.



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