I giocatori entrano nel laboratorio
La scorsa settimana il laboratorio del Baker ha ordinato materiali per costruire l'ultima serie di disegni Foldit in laboratorio per sperimentazioni sperimentali! I seguenti design proteici sono stati selezionati in base all’ispezione visiva dei nostri scienziati e alle previsioni di ripiegamento dal progetto Rosetta@Home.
Per ogni progetto qui sotto abbiamo incluso, a sinistra, l’immagine creata dal giocatore di Foldit; a destra l’imbuto pieghevole con l’energia e l’RMSD del C-alfa per 100 mila secondi sulle previsioni di Rosetta@Home (in rosso), nonché l’immagine della previsione dell’energia più bassa. Ci piace vedere che la previsione dell’energia più bassa ha anche un basso RMSD.
Design di Monomeri
Nel design di monomeri, siamo particolarmente interessati alle diverse topologie contenenti alcuni foglietti beta come strutture secondarie. Queste topologie sono notevolmente più difficili da progettare rispetto ai fasci elicoidali che hanno avuto successo in passato.
Di conseguenza questi imbuti di ripiegamento possono apparire meno puri, ma siamo comunque entusiasti per la sperimentazione in laboratorio!
Design di oligomeri simmetrici
Per la progettazione di omo-oligomeri simmetrici, facciamo una analisi simile per essere sicuri che il monomero si ripieghi come aspettato. Vogliamo anche assicurarci che, una volta ripiegate, le unità monomero si leghino, probabilmente, tra di loro nell'orientamento corretto. Il motivo più comune per cui un progetto non riesce a fare questo test "di ripiegamento" è che la sua interfaccia è completamente idrofobica e priva di caratteristiche. In questo caso, due monomeri opportunamente piegati possono unirsi in diversi modi per coprire la stessa quantità di superficie idrofoba. Il modo migliore per assicurare il legame specifico nell'orientamento corretto è quello di progettare superfici robuste e
complementari (ad esempio grandi catene laterali interdigitate) e, poi, incorporare reti di legami-idrogeno nell'interfaccia.
I seguenti progetti simmetrici sono stati eseguiti in maniera sufficiente per entrambi i test di ripiegamento e docking dei monomeri (dati non visibili) e siamo ansiosi di provarli – tuttavia pensiamo ci sia ancora spazio per miglioramenti nella progettazione di interfacce specifiche!
I giocatori responsabili dei disegni qui sopra meritano certamente un riconoscimento, ma ci sono vari disegni molto più emozionanti che sono ancora in fase di analisi. Non vediamo l'ora di vedere cosa i giocatori di Foldit riusciranno a far uscire con il prossimo aggiornamento!