Il progetto Nutritious Rice for the World sta post-trattando i dati previsti della struttura proteica del riso, calcolati attraverso il World Community Grid. Nel processo di analisi comparativa e convalidare la loro tecnica di post-processing, essi ritengono di aver messo a punto un metodo migliore in grado di migliorare l'accuratezza delle previsioni finali. Questo nuovo metodo sarà dettagliato in una nuova carta e di aggiornamento del software, che sarà rilasciato alla comunità generale ripiegamento delle proteine.
Dal Forum:
From: lhhung
Scienziato del Nutritious Rice for the World
E 'sicuramente tempo per un altro aggiornamento:
Le strutture del riso sono state raggruppate per trovare le migliori strutture rappresentative e queste strutture sono stati confrontati con le librerie di strutture conosciute per determinare la loro funzione. Questo ha richiesto diversi mesi sul nostro cluster di calcolo locale.
Abbiamo anche utilizzato un metodo indipendente basato solo sulla sequenza per determinare la funzione dei geni. Questo solo ci ha dato incarichi fiducioso in circa l'1% dei casi. Tuttavia, questo ci darà una dimensione set gold-standard decente con la quale siamo in grado di valutare in che modo accurato i metodi basati su struttura NRW sono per predire la funzione del gene.
Tuttavia, come mi è stato di benchmarking il metodo di clustering, l'ho trovato, inaspettatamente (è per questo che si fa l'analisi comparativa ...), un buon metodo alternativo per il clustering delle strutture che dovrebbero migliorare l'accuratezza delle previsioni finali.
Le strutture vengono reclustered utilizzando il nuovo metodo.
Il confronto e l'analisi delle previsioni di funzione con il metodo di clustering originale è in corso, mentre questo è stato fatto.
Una volta fatto questo, pubblicheremo i risultati e mettere tutte le strutture sul sito web.
Un'altra carta sta per essere presentato in dettaglio i nuovi metodi di clustering molto veloci e precisi che sono stati sviluppati per affrontare le grandi serie di dati generati da NRW. Il pacchetto software risultante Protinifo-cluster è GPU / SSE / AVX accelerato e ottimizzato. Uscirà per essere usato senza restrizioni, e dovrebbe essere di utilità per la comunità in generale ripiegamento delle proteine. Questo è il software utilizzato per la ri-clustering.
Come per altri progetti NRW - non ci sono piani per un NRW2 ma alcuni progetti in fase di sviluppo per uno basato sul progetto 1000 pianta, che è in procinto di rilasciare le sequenze di 1.000 genomi vegetali. Questo dipenderà ovviamente da quanto la metodologia lavorato con riso.
Hong