Un documento è stato pubblicato nella rivista Molecular Cell, che ha utilizzato i risultati del Human Proteome Folding Project per identificare proteine che regolano i processi nelle cellule umane.
Il laboratorio Bonneau dalla New York University ha collaborato con Markus Landthaler e colleghi del Centro di Medicina Molecolare Max Delbruch di Berlino, contribuendo nel tentativo di scoprire e studiare nuovi legami RNA-proteine nel proteoma umano. Queste proteine svolgono un ruolo importante nella regolazione dell'attività della cellula. Alcune proteine sono state implicate in malattie come l'Alzheimer, malattie muscolari, tumori e altri. Queste informazioni dovrebbero aiutare gli scienziati a una maggiore comprensione di processi delle malattie, che potrebbero condurre a migliori trattamenti.
Astratto generico:
Il gruppo Landthaler dell'MDC ha messo insieme un esperimento di riferimento per scoprire i legami RNA-proteine - un tipo di proteina molto importante per sistemi genetici umani. Hanno poi contattato il laboratorio per l'analisi computazionale Bonneau. World Community Grid ha fornito le strutture previste per un panorama strutturale più completo, contribuendo notevolmente all'analisi della struttura e la funzione delle proteine umane. Tale analisi ha permesso al laboratorio Bonneau di verificare i risultati dell'esperimento dal laboratorio Landthaler, dando fiducia ai loro metodi e fornendo dati sui legami RNA-proteine trovati tramite metodi sperimentali. Inoltre, sono stati sviluppati metodi di previsione di funzione all'avanguardia e si è rivelato in questo esperimento, che sarà caratterizzato dai dati del World Community Grid in pubblicazioni future.
Astratto Tecnico:
Le interazioni Proteina-RNA sono fondamentali per i processi di base biologici, come la giunzione mRNA, la localizzazione, il degrado e la traduzione. Hanno sviluppato una fotoreazione UV di reticolazione nucleotide e un approccio oligo (dT) approccio di purificazione per identificare l'mRNA legato proteoma mediante la proteomica quantitativa e per visualizzare l'occupazione della proteina su tracciati di mRNA di sequenziamento di prossima generazione. L'applicazione, ad una linea umana, sulle cellule renali ha identificato circa 800 proteine. A loro conoscenza, quasi un terzo non sono state precedentemente annotate come RNA vincolante, e circa il 15% non erano prevedibili con metodi computazionali di interazione con l'RNA. L'occupazione dei profili delle proteine fornisce un trascrittomia-ampio catalogo di potenziali regioni cis-regolatori in materia di mRNA di mammifero e ha dimostrato che lunghi tratti in UTRs 3 possono essere contattati con l'mRNA legato al proteoma, con numerosi siti putativi di legame nelle regioni che ospitano polimorfismi nucleotidici associati alla malattia . Le loro osservazioni indicano la presenza di un gran numero di leganti mRNA con diverse funzioni molecolari partecipano alla posttrascrizionale espressione combinatoria genetica delle reti.
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