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David Baker riceve il premio di UW Medicine's come Inventore dell'anno.

Dal comunicato del premio: "Il premio per l'Inventore dell'anno è attribuito individualmente a chi ha portato le ricerche dal banco del laboratorio, grazie alla collaborazione con industrie biomediche, ad un prodotto o ad un processo che ha dato un forte contributo alla sanità e all'economia locale.

David Baker è già stato insignito dei seguenti riconoscimenti:
- 1994: Premio "Giovane Investigatore" dalla National Science Foundation
- 1994: Packard Fellowship in Science and Engineering
- 1995: Premio Beckman "Giovane Investigatore"
- 2000: Premio "Giovane investigatore" dalla Protein Society
- 2002: Premio Overton dall'International Society for Computational Biology
- 2004: Premio AAAS Newcomb Cleveland dall'American Association for the Advancement of Science
- 2004: Premio Feynman dal Foresight Institute
- 2008: Premio Sackler in Biofisica

Ha inoltre pubblicato oltre 230 documenti.
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